Po raz pierwszy sekcja rugby powstała w Juvenii w 1956 i istniała do końca 1957 (jej zawodnikiem w tym okresie był Jerzy Bińczycki)[1][2]. We wrześniu 1957 Juvenia była jednym z trzech klubów sportowych – założycieli Polskiego Związku Rugby[3]. Drużyna wystąpiła w zorganizowanych po raz pierwszy w Polsce w 1957 rozgrywkach ligowych rugby: zwyciężyła swoją grupę w lidze okręgowej (stanowiącej drugi poziom rozgrywek), co zapewniało awans do I ligi[4][5]. Po zakończeniu sezonu sekcja została jednak rozwiązana z powodu braku pieniędzy[6][5].
Ponownie sekcja rugby została zorganizowana w Juvenii w 1973 staraniem Krzysztofa Kalisza, ówczesnego wiceprezesa ds. sportowych klubu, w miejsce rozwiązanej sekcji koszykówki[7][8][2]. Rugbyści przystąpili do rozgrywek II ligi, a pierwszy mecz ligowy rozegrali w sierpniu 1974 przeciwko Posnanii[9][10]. Pierwsze ligowe zwycięstwo odnieśli dopiero w 1976; w tym roku awansowali też do półfinału Pucharu Polski, w którym ulegli Czarnym Bytom 12:15[10]. W sezonach 1978/1979 i 1979/1980 Juvenia nie brała udziału w rozgrywkach ligowych z uwagi na kłopoty kadrowe[11]. Po tej przerwie ponownie przystąpiła do rozgrywek II ligi. W latach 80. XX wieku Juvenia była kilkakrotnie bardzo bliska awansu na najwyższy poziom rozgrywek[10][12].
W 1987, z powodu konfliktów z zarządem klubu w sprawie miejsca do gry, drużyna rugby przeniosła się z Juvenii do Korony Kraków, gdzie przetrwała dwa lata. Po zakończeniu sezonu 1988 sekcja w Koronie została rozwiązana[13][8][2]. Drużyna rugby (która w międzyczasie rozgrywała mecze towarzyskie pod szyldem Juvenii[7]) odrodziła się pod koniec 1993, początkowo jako Rugby Klub Kraków 1993[14][2], a od początku 1996 ponownie jako sekcja Juvenii[14][10].
W 2000 rugbyści Juvenii awansowali na najwyższy poziom rozgrywek klubowych w Polsce. W 2003 spadli na niższy poziom[7][10] (choć w tym samym sezonie awansowała do półfinału Pucharu Polski[15]), wrócili jednak do Ekstraligi w 2005[10]. Rok później Juvenia zyskała sponsora strategicznego – krakowską firmę deweloperską Salwator[16]. W 2009 drużyna występująca wówczas pod marką Salwator Juvenia Kraków osiągnęła największy sukces w historii: zajęła trzecie miejsce w rozgrywkach I ligi zdobywając brązowy medal mistrzostw Polski[10]. Uległa wówczas w półfinale rozgrywek Arce Gdynia 6:15[17]. W tym samym sezonie ponownie zagrała w półfinale Pucharu Polski[18]. Jednak już w tym samym roku, wskutek zaprzestania wsparcia przez Salwator, drużyna popadła w finansowe kłopoty[19].
W 2012 Juvenia spadła z Ekstraligi[20], powróciła do niej w 2014[21]. W 2015, mimo wyników zapewniających utrzymanie się w Ekstralidze, władze Juvenii wobec kłopotów kadrowych i infrastrukturalnych podjęły decyzję o przystąpieniu w kolejnym sezonie do rozgrywek na niższym poziomie[22]. Jednak już rok później drużyna wywalczyła powrót do Ekstraligi[23]. W sezonie 2023/2024 była liderem ligi po rundzie jesiennej, ostatecznie jednak skończyła rozgrywki bez medalu[24][25].
Wychowankiem, długoletnim graczem, a następnie trenerem Juvenii był wielokrotny reprezentant Polski Janusz Wilk[26].
1. miejsce w rozgrywkach ligi okręgowej w okręgu katowickim, które dawało awans do I ligi, jednak w kolejnym sezonie Juvenia nie przystąpiła do rozgrywek
od sezonu 1958 do sezonu 1973/1974 – nie brała udziału w rozgrywkach[13]
występy Rugby Klub Kraków 1993, 2. miejsce w rozgrywkach grupy południowej w sezonie zasadniczym, 3. (ostatnie) miejsce w rozgrywkach o puchar PZR, w których nie brały udziału dwie najlepsze drużyny sezonu zasadniczego
występy Rugby Klub Kraków 1993, 5. miejsce w sezonie zasadniczym, 5. (ostatnie) miejsce w rozgrywkach o puchar PZR, w których nie brały udziału dwie najlepsze drużyny sezonu zasadniczego
występy Rugby Klub Kraków 1993, drużyna niesklasyfikowana w sezonie zasadniczym z powodu zbyt małej liczby rozegranych meczów, 2. (ostatnie) miejsce w rozgrywkach o puchar PZR, w których nie brały udziału trzy najlepsze drużyny sezonu zasadniczego
5. (ostatnie) miejsce w rozgrywkach grupy II w sezonie zasadniczym, 6. miejsce w rozgrywkach o puchar PZR, w których nie brały udziału dwie najlepsze drużyny sezonu zasadniczego
Juvenia zapewniła sobie utrzymanie w Ekstralidze, ale wobec kłopotów kadrowych i infrastrukturalnych zdecydowała się w kolejnym sezonie przystąpić do rozgrywek na niższym poziomie
w rozgrywkach wystąpiła również drużyna rezerw Juvenii, która zdobyła mistrzostwo II ligi (trzeciego poziomu ligowego), jednak z uwagi na zapisy regulaminu nie mogła awansować poziom wyżej[71][72]
W klubie istnieją ponadto drużyny młodzieżowe mężczyzn rugby piętnastoosobowego i rugby 7 oraz kobiet rugby 7. W drugiej dekadzie XXI w. zaczęły one odnosić liczne sukcesy. Związane one były m.in. ze współpracą Juvenii z innymi klubami małopolskimi i Szkołą Mistrzostwa Sportowego Marcina Gortata w Krakowie oraz skupieniem w klubie młodzieży z tych ośrodków[106].
Sukcesy drużyn młodzieżowych Juvenii w rozgrywkach o mistrzostwo Polski:
rugby 7 – kadeci (U16): mistrzostwo – 2022[129], wicemistrzostwo – 2016[130], 2017[131], 2019[132] i 2021[133];
rugby 7 – kadetki (U16): mistrzostwo – 2018 (pierwsza edycja mistrzostw Polski)[134][122], 2019[135][136], 2020[137] i 2023[138], wicemistrzostwo – 2021[139].
Dużym międzynarodowym sukcesem Juvenii było drugie miejsce w silnie obsadzonym międzynarodowym turnieju rugby 7 rozgrywanym w kategorii U19 podczas Dubai Sevens w 2019[140].
Maciej Powała-Niedźwiecki, Jacek Wierzbicki: Encyklopedia polskiego rugby. Lublin: Przedsiębiorstwo Wydawnicze Związku Niewidomych „Print 6”, 2004. ISBN 83-87414-07-7.
