Głównym prekursorem protestantyzmu we Francji był Jacques Lefèvre d’Étaples (1450-1536), francuski teolog i humanista i tłumacz Biblii. Po początkowym sukcesie luteranizmu, który współistniał pokojowo z katolicyzmem przez trzydzieści lat, mimo ekskomuniki Lutra w 1521 roku, druga fala protestantyzmu rozprzestrzeniła się we Francji pod wpływem nauk Jana Kalwina. W maju 1559 roku odbyło się pierwsze zgromadzenie narodowe (lub synod) Kościoła Reformowanego Francji.
1 marca 1562 w miejscowości Wassy, miał miejsce mord na protestantach dokonany przez księcia de Guise, który dał początek wojnie religijnej. Wkrótce potem 23–24 sierpnia 1572 w Noc św. Bartłomieja miał miejsce następny mord na hugenotach w Paryżu, podjęto decyzję o eliminacji głównych przywódców hugenotów. Henryk IV Burbon 30 kwietnia 1598, podpisał edykt nantejski, który uznaje wolność wyznania dla protestantów. Upowszechnienie tego edyktu kładzie kres wojnom religijnym, które spustoszyły Francję w XVI wieku i jest zakończeniem wojny domowej.
18 października 1685, Ludwik XIV podpisał edykt z Fontainebleau cofający edykt z Nantes. Protestantyzm stał się zakazany w królestwie Francji. Po czym następuje okres prześladowań protestantów który doprowadził niektórych do emigracji. 7 listopada 1787, Ludwik XVI ustanawia edykt tolerancji prawnej dla protestantów. 26 sierpnia 1789, przyjęcie Deklaracji Praw Człowieka i Obywatela upowszechnia wolność religijną. W dniu 8 kwietnia 1802, Napoleon Bonaparte, w końcu oficjalnie przywrócił prawo dla kultu protestanckiego.
W dniu 25 października 1905 roku została utworzona Francuska Federacja Protestancka, jako unia Kościołów protestanckich, którą reprezentuje obecnie 23 Kościoły i związki wyznaniowe.
Według Narodowej Rady Ewangelicznej Francji liczba ewangelikalnych protestantów wzrosła z 50 tys. w 1950 roku, do prawie 650 tysięcy w roku 2018. Tym samym stanowią około jednej trzeciej francuskich protestantów i szybko rosną[21]. Według sondażu IFOP z 2012 roku 48% ewangelikalnych to konwertyci, z których większość była katolikami lub bez przynależności religijnej. Wśród nawróconych na ewangelikalizm są też muzułmanie[22].
