W 1601 na synodzie diecezjalnym wydano dekret o powstaniu seminarium. Z kolei 20 grudnia 1602 kard. Bernard Maciejowski podejmuje decyzję o erygowaniu seminarium. Początkowo alumni mieszkali na Wawelu, ale z czasem wyodrębniły się trzy seminaria: prowadzone przez księży misjonarzy, akademickie i zamkowe. Jednak 28 września 1901 powstało nowe seminarium diecezjalne przy ul. Podzamcze. Zostało powołane przez biskupa krakowskiego kardynała Jana Duklana Puzynę, którego staraniem wzniesiono w latach 1899–1902 neogotycki gmach według projektu Gabriela Niewiadomskiego[2]. Zarząd nowego seminarium stanowili księża diecezjalni. W latach I i II wojny światowej budynek był w rękach okupanta. Lata powojenne pozwoliły na modernizacje obiektu. W roku 1954 diecezja oddała na użytkowanie seminarium budynek przy ul. Piłsudskiego 4 (wówczas Manifestu Lipcowego 4). W kolejnych latach dokonano wielu remontów i modernizacji tak, aby 17 listopada 2001 uroczyście świętować 400-lecie seminarium, które służy wielu pokoleniom kapłanów.
13 sierpnia 1991 seminarium odwiedził papieżJan Paweł II.
Od 2021 kandydaci przygotowujący się do kapłaństwa z archidiecezji krakowskiej i diecezji bielsko-żywieckiej, nie rozpoczynają od razu studiów, ale przeżywają tak zwany okres propedeutyczny, który przeznaczony jest na czytanie Pisma Świętego, osobistą modlitwę, pracę i rozeznawanie powołania. Trwa on jeden rok. Od października 2024 najmłodsi kandydaci do kapłaństwa mieszkają w Zakrzowie w ośrodku Caritas, tam tylko przez pierwszy miesiąc, po czym przenoszą się do krakowskiej siedziby seminarium na Podzamczu[3][4][5]. Jego wprowadzenie spowodowało wydłużenie formacji do kapłaństwa w dwóch diecezjach z sześciu do siedmiu lat[6].
Obiekty
Seminarium składa się z jednego budynku:
budynek przy ul. Podzamcze 8, niedaleko Wawelu, zamieszkują klerycy. Budynek ten stanowi główną siedzibę seminarium – mieści się w nim rektorat.
Przełożeni
Rektor
ks. kanonik dr Michał Kania
Wicerektor
ks. Jacek Moskal
Prokurator
ks. kan. Robert Młynarczyk
Ojcowie Duchowni
ks. dr Bogusław Kastelik
ks. kan. Marek Suder
Prefekt, odpowiedzialny za etap propedeutyczny
ks. kan. dr Mirosław Cichoń
Ojciec Duchowny, odpowiedzialny za etap propedeutyczny
ks. Sebastian Fajfer
Rektorzy
Rektorzy Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej od 1901 roku:
↑Statystyka (zeszyt 4). W: Sławomir Wilewski: Posłani w pokoju Chrystusa. Tydzień modlitw o powołania do kapłaństwa i życia konsekrowanego (8–12 maja 2022). Radom: Krajowe Centrum Powołaniowe • Wydawnictwo Diecezji Radomskiej AVE, 2022, s. 3. ISBN 978-83-67205-01-6.
↑Michał Rożek, Przewodnik po zabytkach Krakowa, Kraków 2006.
