O Campeonato Maranhense de Futebol de 2012 será disputado em dois turnos. No 1º turno, As dez equipes jogam entre si e os quatro primeiros colocados fazem as semi finais. Os vencedores farão a final do 1º turno. O 2º turno será igual ao 1º turno. Os campeões de cada turno fazem a final do campeonato em duas partidas, com vantagem para a equipe de melhor campanha no torneio. O Campeão Maranhense de 2012 disputará a Copa do Brasil e o Brasileirão Série D do próximo ano.
Os critérios para desempate em números de pontos são os seguintes, aplicados necessariamente na ordem em que aparecem:
1. Maior número de vitórias;
2. Melhor saldo de gols;
3. Maior número de gols pró;
4. Confronto direto (quando o empate for entre apenas duas equipes);
5. Menor número de cartões vermelhos;
6. Menor número de cartões amarelos;
7. Sorteio.