Nesta edição o número de equipas participantes foi aumentado para 12 com a inclusão dos representantes das associações de futebol de Aveiro e Portalegre.
O Belenenses venceu o campeonato pela primeira vez na sua história.
Foi decido que na época 1946-47, se faria uma reformulação dos quadros competitivos, acabando-se com a qualificação a partir dos campeonatos regionais, passando a existir uma lógica de continuidade entre edições, e um sistema de promoções e descidas entre divisões.[1] Assim foi decidido que na edição seguinte participariam as 10 equipas mais bem classificadas desta edição, o vencedor do Campeonato Nacional da Segunda Divisão e o o vencedor da eliminatória entre o 11º classificado da I divisão e o 2º classificado da II Divisão.[2][3] Neste jogo de apuramento, o Famalicão derrotou o Boavista assegurando a participação na Primeira Divisão de 1946–47.[4]
