O atacante chegou à General Severiano com a pressão de substituir o recém-saído Loco Abreu, mas a falta de gols com um jejum de 20 jogos fez ser contestado e criticado pela torcida alvinegra. No entanto, Oswaldo bancou sua permanência e, atuando mais recuado, Rafael Marques conseguiu se destacar em 2013. O jogador foi o artilheiro do Botafogo no ano de 2013 com 19 gols.
Henan Jianye
No dia 21 de janeiro de 2014, acertou sua transferência para o Henan Jianye da China.[5]
Palmeiras
Em 12 de janeiro de 2015, Rafael foi contratado pelo Palmeiras num empréstimo de um ano.[6] Foi campeão da Copa do Brasil em cima do Santos em dezembro.
O jogador ainda entrou para a história do Verdão no dia 12 de fevereiro do mesmo ano. Ao marcar um gol na vitória por 3 a 0 contra o Rio Claro, Rafael Marques se tornou o primeiro - e até então único - jogador a marcar gols profissionalmente pelo Palmeiras tanto no antigo Palestra Itália, quanto no Allianz Parque.[7] Onze anos antes, em 2004, em sua primeira passagem pelo Palmeiras, o atacante fez um único gol, em vitória por 4 a 0 contra o São Gabriel, no Palestra Itália, pela Copa do Brasil.
No dia 13 de janeiro de 2016, após uma longa negociação com o Henan Jianye, dono dos direitos do atleta, o Palmeiras acertou a compra do jogador, que assinou um contrato de dois anos.
Em maio de 2017, Rafael Marques encerrou sua segunda passagem pelo Palmeiras, se destinando ao Cruzeiro. Deixou o clube alviverde com as conquistas da Copa do Brasil de 2015 e do Brasileirão de 2016, além da fama de "carrasco" em clássicos.
Cruzeiro
Em 13 de maio de 2017, o Cruzeiro acertou com o Palmeiras a troca de Rafael pelo lateral-direito Mayke, jogador de 24 anos, formado nas categorias de base do clube celeste.[8] Rafael Marques marcou seu primeiro gol pelo novo clube em 12 de julho de 2017, fechando a vitória por 2–0 contra o Atlético Paranaense na Arena da Baixada.[9]
Sport
No dia 7 de maio de 2018, o Sport confirmou acerto com Rafael Marques.[10]
No dia 6 de fevereiro de 2021, foi anunciado como reforço do Botafogo-SP para a disputa do Paulistão 2021.[14]
Primavera
Em 3 de janeiro de 2022, o Primavera anunciou Rafael Marques como reforço para a disputa da Série A2 do Paulista[15]. Defendeu o Primavera na temporada 2022, com 20 jogos e três gols entre Série A2 do Paulista e Copa Paulista.
Aposentadoria
Em 17 de novembro, anunciou sua aposentadoria, aos 39 anos, e passou a ser auxiliar técnico do Primavera.[16]
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