Вместе с участием в боях по смешанным единоборствам Фабио на профессиональном уровне принимал участие в боксёрских поединках в Бразилии, дебют состоялся 23 апреля 2002 году. В боксе Мальдонадо показал себя нокаутёром — все 26 проведённых им поединка (до ноября 2018 года) закончились его победой, причём 25 из них нокаутом, а один победой путём дисквалификации противника, и ни один бой не продлился более 5 раундов. Но все прошедшие бои были в основном с низкорейтинговыми боксёрами-соотечественниками — либо очень молодыми и не опытными, либо с ветеранами уже на закате их карьеры.
Бои проводил ежегодно по несколько поединков в год, за исключением перерыва примерно в 5 лет который был с середины 2010 года по начало 2016 года. Последний победный бой на профессиональном ринге Мальдонадо провёл 29 сентября 2018 года победив в бою-реванше соотечественника Клейтона Сориано де Лира (6-6-1) (867 позиция по рейтингу BoxRec)[1].
1 декабря2018 года впервые прошёл бой Мальдонадо с высокорейтинговым (38 позиция по рейтингу BoxRec), опытным, небитым 31-летним колумбийским боксёром Оскаром Ривасом (24-0). Причем бой прошёл в родной для Риваса Канаде — где он живёт и тренируется, и на кону для победителя стоял титул чемпиона Северной Америки по версии NABF в супертяжёлом весе. Бой прошёл все отведённые для него десять раундов и Мальдонадо проиграл этот бой единогласным решением судей (счёт судей: 90-99, 89-100, 90-99).
Карьера в смешанных единоборствах
Мальдонадо профессиональную карьеру в смешанных единоборствах начал в сентябре 2000 года, в этом же году приступил к тренировкам по бразильскому джиу-джитсу. До 2008 года проводил бои исключительно в Бразилии, за 8 лет провел 20 поединков — 17 из которых выиграл, среди них можно выделить победу над Витором Миранда и две победы техническим нокаутом над Майкелом Фалканом.
В ноябре 2008 года боем в Альбукерке (США) дебютировал в Ultimate Fighting Championship, где выступал на протяжении пяти лет, одержав пять побед и потерпев шесть поражений. В последних четырёх боях у Мальдонадо три поражения[2]. Всего за карьеру (на июнь 2016 года) провёл 32 поединка, из которых 22 закончились его победой (13 раз отправлял соперника в нокаут) и 10 завершились поражением, сам побывал в нокауте в 2 боях[3].
Fight Nights Global
Бой против Фёдора Емельяненко
17 июня 2016 года в Санкт-Петербурге состоялся поединок против одного из первопроходцев смешанных единоборств Фёдора Емельяненко. На второй минуте первого раунда Фабио серьёзно потряс Фёдора, поймав его двумя встречными боковыми ударами в челюсть и сумев нанести большое количество ударов в партере. В двух оставшихся раундах Емельяненко выровнял поединок и выиграл бой решением большинства судей: 28-28, 29-28, 29-28. Штаб Мальдонадо опротестовал вердикт судей, апелляция была рассмотрена Всемирной ассоциацией ММА (WMMAA), которая посчитала, что в поединке должна быть засчитана ничья[4]. Однако «Союз ММА России» (под эгидой которого проводился поединок) отказался менять результат боя, мотивируя это тем, что WMMAA не имеет права влиять на судейское решение.
После боя с Емельяненко провел бой против Михаила Мохнаткина, где так же уступил решением большинства судей. Затем победил техническим нокаутом Абдул-Хамида Давлятова. После этого вернулся в полутяжелый вес где, завоевал вакантный титул чемпиона Fight Nights Global победил удушающим приемом Курбана Омарова[5]. 19 мая 2018 года утратил титул чемпиона Fight Nights Global в полутяжелом весе, проиграв нокаутом во 2-м раунде Никите Крылову.[6]