Родился в 1642 году в семье Кшиштофа Опалинского (1611—1655) — польского поэта и военачальника — и Терезы Констанции Царнковской (ум. 1660). Был польским старостой и кастеляном.
4 декабря 1678 года женился на Софии Царнковской (родилась 12 марта 1660 года в Познани в семье Адама Царнковского и Терезы Залеской, скончалась от пневмонии 2 декабря 1701 года в Вроцлаве в возрасте 41 года[1]). От брака родилось четверо детей:
Мария (род. и ум. 1679) — скончалась после рождения;
Умер 25 марта 1695 года в возрасте 53 лет. В 1748 году в церкви Серакува был установлен памятник Яну Карлу и его супруге Софии. Там же он и был похоронен вместе с ней[2].
