Футбольный клуб «Сахалин» был создан в мае 2004 года для активизации и повышения мастерства футболистов-спортсменов, развития детского и юношеского футбола на Сахалине.
С начала своего создания ФК «Сахалин» выступал в чемпионате Сахалинской области[1] и первенстве России среди ЛФК в зоне Дальнего Востока среди любительских команд. В 2007 году ФК «Сахалин» был принят в Ассоциацию «Профессиональная футбольная Лига» и начинает выступать как нелюбительский футбольный клуб.
В апреле 2007 года Футбольный клуб «Сахалин» принимал участие в Международном турнире по футболу на «Кубок Иртыша» в Омске, где занял III призовое место.
С момента создания и вплоть до 2009 года командой руководил Андрей Пархоменко. На смену ему в конце декабря 2008 года был назначен Сергей Владимирович Осипов, продержавшийся на своем посту из-за неубедительной игры команды сравнительно недолго.
4 августа 2009 года в ФК «Сахалин» был назначен новый главный тренер — Виктор Ноздрин. 13 сентября 2009 года «Сахалин» впервые в своей истории одержал победу с крупным счетом, обыграв «Океан» на своем поле 3:0.
10 января 2010 года главным тренером ФК «Сахалин» был назначен Сергей Тимофеев. 1 июля 2010 года, одолев в серии пенальти хабаровскую «СКА-Энергия», «Сахалин» впервые в своей истории вышел в 1/16 Кубка России, где по пенальти проиграл «Сатурну» из Раменского.
2 мая 2014 года новым главным тренером был назначен Андрей Афанасьев. 25 мая в матче 28 тура против ФК «Сибиряк» Сахалин одержал победу со счётом 3:0 и гарантировал выход в ФНЛ[2].
В конце 2015 года, из-за проблем с финансированием, клуб вошёл в состав ПСК «Сахалин». Таким образом, в Сахалинской области под одним брендом оказались объединены сразу четыре вида спорта: баскетбол, хоккей, волейбол и футбол[3].
Сезон в ФНЛ оказался неудачным, команда заняла 16-е место и снова должна была проводить сезон во второй лиге. От участия в сезоне 2016/17 команда собиралась отказываться из-за проблем с финансированием[4], но в итоге продолжила выступать в зоне «Восток».
В сезоне 2017/18 «Сахалин» занял 1-е место, но не вышел в ФНЛ, так как не подавал заявку на лицензирование[5][6].
Домашние игры сезона 2018/19 ПФЛ клуб проводил на стадионе «Темп» в Томске. Одержав победу в матче 24 тура с «Сибирью-2», «Сахалин» стал победителем группы «Восток», но не вышел в ФНЛ, так как и в этот раз не подавал заявку на лицензию[6][7]. 21 июня Палата по разрешению споров РФС лишила «Сахалин» 3-х очков, тем самым «Сахалин» опустился на 2-е место, а победителем стал «Иртыш» (Омск)[8][9]. В сезоне 2019/20 домашние матчи команда провела на стадионе «Спартак» в Южно-Сахалинске.
↑ 12Первенство проходило в два этапа, на втором этапе учитывалась часть матчей первого этапа. Приведены суммарные показатели в сыгранных матчах.
Молодёжная команда «Сахалин-М» с 2014 года (в 2014 году название — «Сахалин-М-Портовик» Холмск)[10] участвует в первенстве России среди ЛФК (зона «Дальний Восток»), чемпионате (победитель в 2016 и 2021 годах) и кубке Сахалинской области[11][12].
