Главным предметом обучения были математические и навигацкие науки (артиллерийские, инженерные, морские). Школа выпускала молодых людей во все роды оружия и службы, военные и гражданские, которые требовали некоторых научных знаний или просто знания русской грамоты. Таким образом, ⅓ из школы выходили, кроме моряков, инженеры, артиллеристы, учители в другие школы, геодезисты, архитекторы, гражданские чиновники, писари, мастеровые[5]:7.
После смерти Ф. А. Головина в 1706 году школа перешла в ведение Приказа морского флота, а в 1712 году — в ведение Адмиралтейской канцелярии. Главный надзор за школой осуществлял граф Ф. М. Апраксин[5]:32.
На основании указа Петра I от 16 (27) января 1712 года[8] школа подлежала расширению:
… Школу инженерную умножить, а именно учеников из русских, которые у́чены цифири или на Сухареву башню, для сего учения посылать, а когда арифметику окончат, учить геометрию столько, сколько до инженерства надлежит; а потом отдавать инженеру учить фортификацию и держать всегда полное число 100 человек или 150, из коих две трети или по нужде были из дворянских людей…
В 1715 году навигаторские классы школы были переведены в новую столицу, после чего на их основе была создана Морская академия[5]:36. В 1717 году начальником школы назначен капитан Брунц.
В 1719 году указом Петра I от 17 марта № 3330 учеников Московской инженерной школы перевели в Санкт-Петербург в образованную там Инженерную роту[9].
Школа математических и навигацких наук была упразднена в 1753 году, однако на правопреемство с ней претендуют многочисленные военные учебные заведения[10].
Морской корпус Петра Великого (с 2001 года), также Первый филиал ВУНЦ ВМФ ВМА (Военный учебный научный центр военно-морского флота — Военно-морская академия им. адмирала флота Советского Союза Кузнецова Н. Г.)
Нижняя школа — младшие классы, обучение чтению и письму, арифметике, геометрии, тригонометрии
Верхняя школа — старшие классы, обучение немецкому языку, математике, морским, инженерным и артиллерийским наукам
Преподаватели
Генри Фарварсон[2] (Henry Fargwarson) — шотландец, профессор Абердинского университета, специалист в математике, астрономии и морских науках. Поступил на русскую службу в 1698 году
Стефан Гвин (Stephan Gwyn; в ряде источников Степан Гвын) — англичанин
Ричард Грейс (Richard Gries) — англичанин
Леонтий Филиппович Магницкий — автор первой в России учебной энциклопедии по математике «Арифметика, сиречь наука числительная с разных диалектов на славенский язык переведёная …» (1703 год), учитель арифметики, геометрии и тригонометрии[5]:5-7
Яков Иванов, Парфён Васильев обучали словесной и письменной науке
Иван Никитин, Никита Харитонов (ученик Ивана Никитина), Спиридон Пичурин, Михаил Борисов (пушкарский сын, воспитанник этой же школы) — арифметике
поручик Ушаков — артиллерийские и инженерные науки
Ученики и процесс обучения
В школу велено было принимать «сыновей дворянских, дьячих, подьячих, из домов дворянских и других чинов» от 12 до 17 лет, впоследствии принимались и 20-летние[11].
Срок обучения не был определён, но среднее время обучения (включая практику в действующей армии, лабораториях, пороховых и пушечных заводах «на выучку литейного дела» и различных мастерских в стране и за рубежом «для учения в тамошних местах инженерной и иным немецким наукам») составлял 10—15 лет. Причём каждый ученик «твердил» свою науку, не ожидая других. Школьники, которые в науках «оказались плохи», определялись в столяры, токари, паяльщики, стрельцы, матросы, солдаты и в другие приказы. Так, ученик П. Фёдоров был выпущен из школы канониром, «понеже грамота ему в ученье не далась»; ученику К. Дружинину «учинен трактамент против неучёных сержантов».