Осенью 1937 года Я. Ялкайна обвинили в «неучастии в разоблачении врагов народа и буржуазных националистов» и в «несоциалистическое отношение» к советской действительности в произведениях. Он был исключён из членов правления Союза писателей СССР. Ожидая ареста, Ялкайн отправил жену, которая ждала ребёнка, в Башкирию. В апреле 1938 года Я. Ялкайн был арестован, его обвинили в «организации повстанческих организаций и шпионаже в пользу финской разведки» и расстреляли 17 сентября.
Писать начал в середине 1920-х годов. Первое произведение, поэма «Кугу кайык» («Большая птица»), опубликована в журнале «У илыш» («Счастливая жизнь») в 1926 году. Когда учился в МГУ, сотрудничал в качестве автора с Центриздатом, Учпедгизом, газетой «Марий ял» («Марийская деревня»).
Перевёл на марийский язык десятки книг и брошюр на свободные темы. Одновременно переводил на родной язык произведения А. Пушкина, М. Горького, А. Гайдара. Писал поэтические и прозаические произведения, критические работы, статьи по фольклору и этнографии.
В 1934 году издал 4 книги, в первую очередь, это автобиографическая трилогия из повестей «Андрий Толкын», «Ужар жап» («Юность»), «Ола» («Город»). В этих повестях автор отобразил жизнь и судьбы простых людей в смутные времена периода империалистической и гражданской войн и последующих не менее трудных лет[1]. Также в эти же годы издал книги поэзии, сборник марийских народных песен, справочники по истории и культуре Марийского края «Материалы для библиографического указателя по мароведению» и «Марийская библиография» (1934), лучшие его статьи публиковались в журналах «Литература национальностей СССР», «Литературный критик», «Советская этнография» и др.
Самым значительным творческим достижением Я. Ялкайна стал роман «Оҥго» («Круг»). Практически он является энциклопедией народной жизни, где писатель прослеживает судьбы представителей разных слоёв марийского народа начала XX века. Здесь изображена и яркая любовь, и сложные отношения между отцами и детьми, поиск человеком места в жизни, драматичные события периода массового переселения восточных мари в далёкие сибирские земли. Роман стал истинно новаторским произведением в марийской литературе[1].
Произведения
Ниже представлены основные произведения Я. Ялкайна[2]:
На марийском языке
Йошкар лум: повесть // У вий. 1933. № 5. С. 8—18; № 6. С. 21—29.
Андрий Толкын: повесть. М., 1934. 136 с.
Элем: почеламут-влак, поэма (Страна моя: стихи, поэмы). М., 1934. 56 с.
Кечан кече: ойырен налме произведений-влак (Солнечный день: избранные произведения). М., 1935. 156 с.; Йошкар-Ола, 1959, 188 с.
Ола: повесть (Город). М., 1936. 216 с.; Йошкар-Ола, 1967, 172 с.
Ужар жап: повесть (Юность). Йошкар-Ола, 1936. 136 с.; 1960, 124 с.
Эрге: поэма (Сын). Йошкар-Ола, 1936. 48 с.
Оҥго: роман (Круг). М., 1937. 368 с.; Йошкар-Ола, 1958, 272 с.
Почеламут ден поэма-влак (Стихи и поэмы). Йошкар-Ола, 1972. 144 с.
Чумырен лукмо ойпого: кок том дене лекткш (Собрание сочинений). Йошкар-Ола. 1-ше т.: почеламут, поэме, повесть, ойлымаш. 2005. 656 с.; 2-шо т.: роман, шарнымаш, статьч, серыш. 2006. 464 с.
В переводе на русский язык
Ворота: стихи / пер. на рус. П. Панченко // Песня, ставшая книгой. М. 1972. С. 382—383.
Песня о Ленине; Ворота жизни; Мой белый лебедь: стихи // Соловьиный родник. Йошкар-Ола, 1979. С. 38—42.
Круг: роман / пер. на рус. В. Муравьёва. Йошкар-Ола, 1980. 240 с.
Литературоведческие и библиографические работы
Список литературоведческих и библиографических работ[3]:
Материалы для библиографического указателя по мароведению. 1762—1931. Йошкар-Ола, 1934. 112 с.
Фольклорные движения среди мари // Советская этнография. 1934. № 1—2. С. 26.
Марий библиографий. 1821 ий гыч 1933 ий марте эрвел-олык да курык марий ден лекше книгам да тӱҥ статьям ончыктымаш. Йошкар-Ола, 1934. 232 с.
Сылнымут нерген мут. Йошкар-Ола, 1935. 64 с.
То же // Тӱҥалтыш ошкыл. Йошкар-Ола, 1975. С. 99—111.
Краткая литературная энциклопедия: Т. 8. — М., 1975. — С. 1079. БСЭ. — М., 1978. — С. 499.
Александров А. М., Беспалова Г. Е., Васин К. К.Я. Ялкайн // Писатели Марийской АССР: биобиблиографический справочник. — Йошкар-Ола: Марийское книжное издательство, 1976. — С. 354—357. — 368 с. — 5000 экз.
Казаков М. Поэтын поянлыкше. — Йошкар-Ола, 1984. — С. 37—44.
Беспалова Г. Е., Васин К. К., Зайниев Г. З.Яныш Ялкайн // Писатели Марийской АССР: биобиблиографический справочник / Отв. А. В. Селин. — Йошкар-Ола: Марийское книжное издательство, 1988. — С. 365—372. — 376 с. — 5000 экз.
Ялкайн Яныш // Марийская биографическая энциклопедия / Авт.-сост. В. А. Мочаев. — Йошкар-Ола: Марийский биографический центр, 2007. — С. 420—421. — 2032 экз. — ISBN 5-87898-357-0.
Зайниев Г. З.Ялкайн Яныш (Ялкаев Яныш Ялкаевич) // Марийская биографическая энциклопедия / Авт.-сост. В. А. Мочаев. — 2-е изд. — Йошкар-Ола: Марийский биографический центр, 2017. — С. 521. — 606 с. — 1500 экз. — ISBN 978-5-905314-35-3.