Biskop Erik Fahlcrantz avporträtterad år 1854 iklädd prästrock med elva om halsen. Han bär även ett biskopskors samt Nordstjärneordens kommendörskors om halsen. Porträtt utfört av konstnären B. Vallerius.
År 1835 utnämndes Fahlcrantz till professor i dogmatik och moral och erhöll då kyrkoherdetjänsten i Danmarks prebendepastorat 1835. Han kom 1839 på andra förslagsrummet till Västerås stift, men utsågs inte. 1841 blev han ledamot av Bibelkommissionen. Han blev dock biskop i Västerås stift 23 november 1849 och lämnade då professuren i Uppsala. Han blev ledamot av Svenska Akademien 1842. Som biskop var han självskriven ledamot i prästeståndet vid ståndsriksdagarna 1850/51, 1853/54, 1856/58, 1859/60, 1862/63 och 1865/66.
Christian Eric Fahlcrantz gifte sig den 30 november 1847 i Stockholm i Jakobs församling med Aurora Wilhelmina (Mina) Valerius (1819–1916), dotter till akademiledamoten Johan David Valerius och Christina Aurora Ingell. Hans äldste son, Carl Johan Fahlcrantz, grundlade 1877 bokförlaget Fahlcrantz & Co., som 1925 övertogs av sonen med samma namn, Carl Johan Fahlcrantz (1892–1964), som var skådespelare. Den yngre sonen Axel Fahlcrantz var konstnär, liksom farbröderna, Carl Johan Fahlcrantz och Axel Magnus Fahlcrantz. Christian Eric Fahlcrantz avled i Västerås 1866 och hans hustru, som avled 1916, överlevde honom med nära femtio år.[3]
De ruina chalifatus Bagdadici : dissertatio academica... Upsaliæ. 1820. Libris10875513
Noachs ark : Första våningen, andra våningen. Stockholm. 1825—26 – [Ny omdiktad uppl.]. Stockholm. 1826. Libris2389148 – Ny upplaga: Noachs ark. Stockholm. 1925–1926. Libris1806224
[1.] Den nya verlds-editionens första correctur-ark jemte Fan i båten såsom intelligensblad. 1825. Libris2389147
[2.] Den yra vildåsnan skall omskapas till menniska. Stockholm. 1826. Libris2389149
Ord till musiken vid academiska högtidligheterna den 14 och 15 maj 1829 : i anledning af h.k.h. hertigens af Östergöthland födelse. Uppsala. 1829. Libris2431502
Sånger vid aftäckningen af Linnés bildstod i Upsala d. 12 octob. 1829. Uppsala. 1829. Libris2432070
Magnis litterarum patronis, hospitibus, patribus civibusque academicis et urbicis... Upsaliæ. 1832. Libris11605831
Till den jubelfest, hvarmed Gustaf Adolph den stores minne firas af Upsala universitet, inbjudas vetenskapernas gynnare och vänner af Christian Er. Fahlcrantz. Upsala. 1832. Libris11605813
Ansgarius : bilder ur nord-apostelns lif i fjorton sånger. Upsala. 1835–1846. Libris3287315
Minne öfver biskopen, doktor Jesper Svedberg. Stockholm. 1835. Libris2639209
Sveriges skalder, tecknade i deras arbeten. Stockholm. 1840–1841. Libris2639211
Tal wid swenska bibelns jubelfest, hållet på Gustavianska lärosalen i Upsala d. 10 nov. 1841. Uppsala. 1841. Libris2010338
Oratio parentalis in memoriam ... Joh. Ol. Wallin ... in conventu synodali Arosieae habito die 14 sept. 1842. Arosiae. 1843. Libris2639212
Några ord om universiteters och elementarläroverks inbördes förhållande : ett votum, jemte sednare tillägg. Uppsala. 1843. Libris2010173
Till afhörande af de tal, hvarmed h. m. konung Oscar den förstes regeringsanträde firas af Upsala universitet inbjudas vetenskapernas gynnare och vänner af Christ. Er. Fahlcrantz, kongl. Acad. n. v. rector. Upsala. 1844. Libris11611054
C.J.L. Almqvist såsom författare i allmänhet och såsom theolog isynnerhet. Upsala: Wahlström. 1845–1846. Libris365466
Till bivistandet af den akt, genom hvilken universitetets för det ingående academiska året valde rector skall inställas i sitt embete, inbjudas vördsamt vetenskapernas gynnare och vänner af Christ. Er. Fahlcrantz, kongl. Acad. n. v. rector. Upsala. 1845. Libris11611591
[Inträdestal hållet i Svenska akademien över C.P.Hagberg den 15 januari 1844.]. [Stockholm]. 1847. Libris2993604
Minne öfver biskopen doktor Jesper Svedberg. Stockholm: Norstedt. 1853. Libris2065902
Rom förr och nu. 1–6. Västerås: Torssell. 1858–1861. Libris1955238
Minnesord öfver Philip Melanchton talade i Westerås Prest-sällskap den 19 April 1860. Westerås. 1860. Libris2639210
Fahlcrantziana : ordlekar och infall af biskop Kristian Erik Fahlcrantz / / utgifne af E-d. Stockholm: Bokförlagsbyrån. 1887. Libris18414605 – Utgivare: Theodor Ekelund.
Augusti, Johann Christian Wilhelm (1821). De christna dogmernas historia af d. Joh. Chr. Wilh. Augusti / efter andra uplagan öfversatt af C.E. Fahlcrantz. (=Theologiskt bibliothek,= ; H. 1. Falun. Libris2413864
Dräseke, Johann Heinrich Bernhard (1822). Tron, hoppet och kärleken : en handbok för unga Jesu vänner, isynnerhet för dem, som beredas till sin första nattvardsgång / öfversatt efter fjerde, mycket förbättrade, upplagan. Falun. Libris2420176
Lessing, Gotthold Ephraim (1822). Miss Sara Sampson : sorgespel i fem acter. Falun. Libris2389702
Specimina versionis Corani : quorum fasciculum primum venia ampl. facult. philos. Upsal. p. p. mag. Christ. Er. Fahlcrantz ... et Guilielmus Fahlcrantz Vestm. Dalecarli. Upsaliæ. 1824. Libris2749263 – Med svensk och arabisk parallelltext.
Sibbern, Frederik Christian (1827). Menniskans andeliga natur, eller Utkast till en psychologi, för gymnasierna, i sammandrag efter Fr. Chr. Sibbern... Stockholm. Libris2405490
Redaktörskap
Svenska litteratur-föreningens tidning. Upsala. 1833–1838. Libris1695065 – Tillsammans med P. v. Afzelius, P. D. A. Atterbom m. fl.
Ecclesiastik tidskrift.. Upsala: Leffler och Sebell. 1839–1842. Libris2269089 – Tillsammans med A. E. Knös o. C. J. Almquist.)
Ståhl, Magnus Laurentius (1840). Nu lefvande professorer vid Kungl. universiteterne i Upsala och Lund, med de uppgifter om hvar och en som författaren kunnat inhämta. Lund. Libris3097973