Som litteraturhistoriker har han framför allt ägnat sig åt Johan Ludvig Runeberg.
Johan Wrede kritiserade missförhållanden i den militära utbildningen i romanen 330 dagar (1955). Wrede var projektledare för Finlands svenska litteraturhistoria (två band, 1999–2000).
Wrede har även skapat översättningar och bearbetningar och regi av radiodramatik: Behan, Dorst, Beckett, Enckell m. fl.[3]
Under åren 1960–2005 var Johan Wrede gift med psykoanalytikern Gunnel Cavonius-Wrede (1938–2019), som var syster till Märta Tikkanen.[4] Paret fick tre barn.[5]
1968 – Arvid Mörnes lyrik: från och med den poetiska förnyelsen omkring 1920
1981 – Fänrikarnas födelse: kronologin i J. L. Runebergs Fänrik Ståls sägner (Finska vetenskapssocieteten)
1988 – Jag såg ett folk: Runeberg, Fänrik Stål och nationen (Söderström)
2004 – Kajorna i det bevakade tornet: studenten J.L. Runebergs satir över vicekansler J. F. Aminoff och ärkebiskop J. Tengström versus A.I. Arwidsson (Kungl. Vitterhets historie och antikvitets akad)
2005 – Världen enligt Runeberg: en biografisk och idéhistorisk studie (Svenska litteratursällskapet i Finland)
2012 – Tikkanens blick: en essä om Henrik Tikkanens författarskap, livsöde och personlighet (Svenska litteratursällskapet i Finland)
Ben Hellman: Johan Wredes bibliografi 1955–1985: tillägnad professor Johan Wrede på hans 50-årsdag den 18 oktober 1985 (Nordica, Helsingfors univ., 1985)