Winberg var under 90-talet en profilerad EU-motståndare och var en av två ministrar i Ingvar Carlssons regering som röstade nej i folkomröstningen om EU-medlemskap år 1994. Hon var även motståndare till införande av euron som valuta, men höll som vice statsminister en mycket låg profil inför folkomröstningen om euron år 2003. Hon är även en engagerad feminist och var som jämställdhetsminister drivande bakom lagen om sexköp, som gjorde det olagligt att köpa sexuella tjänster men inte att sälja dem. Hon har arbetat för ökad kvinnlig representation i styrelser och engagerat sig i kampen för bättre villkor för djuren, ofta i konflikt med starka intressen bland lantbrukare i EU.
Margareta Winberg är dotter till sliparen Gunnar Gustafsson och hemsamariten Greta, född Håkansson. Hon levde samman med Jörn Svensson från 1985 till hans död 2021 och de två gifte sig 2008. Hon har tre barn från ett tidigare äktenskap.
