De fyra bästa grupptvåorna gick vidare även de vidare till tredje omgången. Då Indonesien blev diskvalificerat gjordes poängräkningen om, Grupp F bestod då enbart av fyra tävlande lag. Poängen räknas i de övriga grupperna (A–E, G och H) utan resultatet mot det femteplacerade laget (i respektive grupp).
^Publiksnittet har räknats ut ifrån 149 matcher istället för 152, för att göra publiksnittet mer realistiskt, detta för att tre av Kuwaits matcher aldrig spelades.
^Matchen spelades i Malaysia på grund av att det saknades lämplig plats i Dili.
^ [ab] Matchen mellan Malaysia och Saudiarabien avbröts i den 87:e minuten efter att en grupp supportrar kastat in föremål på planen, Saudiarabien ledde då med 2–1. Den 5 oktober 2015 beslutade FIFA att Saudiarabien tilldöms seger med 3–0. Malaysia tvingades även spela nästa hemmamatch (mot Förenade Arabemiraten) bakom stängda dörrar.[1][2]
^ [ab] Palestinas hemmamatcher mot Saudarabien respektive Malaysia spelades på neutral plan då den palestinska regeringen inte kunde garantera säkerheten för matcherna.[4]
^Fifa tilldömde Iran vinsten då Indien hade använt sig av Eugeneson Lyngdoh, en spelare som inte var berättigad att spela matchen. Matchen slutade ursprungligen 3–0 till Iran.[26]
^Publiksnittet har räknats ut ifrån 17 matcher istället för 20, för att göra publiksnittet mer realistiskt, detta för att tre av Kuwaits matcher aldrig spelades.
^Matchen spelades i Qatar av anledningar som inte har offentlig gjorts.[49]
^ [abc] Den 16 oktober 2015 meddelade FIFA att Kuwaits fotbollsförbund stängs av med omedelbar verkan på grund av regeringens inblandning i sporten.[52] Den 13 januari 2016 beslutade FIFA att matchen mellan Kuwait och Burma, som skulle spelats 17 november 2015, inte ska spelas[53] och tilldelade Burma segern med 3–0 enligt FIFAs disciplinregler[54]. Kuwaits matcher mot Laos och Sydkorea planerades till 24 respektive 29 mars 2016 men spelades inte och fortsatta beslut skulle komma att tas av FIFAs disciplinnämnd.[55]. Den 6 april 2016 tog Fifa beslutet att Kuwait förlorade bägge matcherna med 3–0[56]
^Nordkorea vann matchen med 1–0 men tilldelades segern med 3–0 i efterhand på grund av att Jemen använt sig av en icke-kvalificerad spelare.
