ตามรัฐธรรมนูญของอัฟกานิสถาน กำหนดให้ประธานาธิบดีเป็นประมุขและผู้นำในการบริหารประเทศ มีการกระจายอำนาจการปกครองออกเป็นจังหวัด แบ่งออกเป็น 34 จังหวัด (Province) อย่างไรก็ตาม ในแง่การบริหารจัดการระบบการปกครองภายในประเทศยังไม่ดีนัก เนื่องจากเพิ่งฟื้นตัวจากสงคราม และอำนาจของรัฐบาลกลางยังครอบคลุมไม่ทั่วถึงพื้นที่ห่างไกล

1. ฝ่ายนิติบัญญัติ

มีรัฐสภา (National Assembly) ซึ่งประกอบด้วย 2 สภา ได้แก่ 1) สภาผู้แทนราษฎร (House of People หรือ Wolesi Jirga) ประกอบด้วยสมาชิกไม่เกิน 249 คน ได้รับการเลือกตั้งโดยตรง ดำรงตำแหน่งวาระ 5 ปี และ 2) สภาอาวุโส (House of Elders หรือ Meshrano Jirga) มีสมาชิก 102 คน ซึ่งแบ่งการสรรหาออกเป็น 3 วิธี ในจำนวนที่เท่าๆ กัน โดยสมาชิก 34 คนได้รับเลือกจากคณะบริหารระดับจังหวัด (Provincial Council) ดำรงตำแหน่งวาระ 4 ปี สมาชิกอีก 34 คน ได้รับเลือกจากคณะบริหารระดับท้องถิ่น (Local District Council) ดำรงตำแหน่งวาระ 3 ปี และสมาชิกอีก 34 คน ได้รับแต่งตั้งจากประธานาธิบดี ดำรงตำแหน่งวาระ 5 ปี นอกจากนี้ อาจมีการประชุมใหญ่ของผู้แทนทุกภาคส่วนที่เรียกว่า Loya Jirga ซึ่งประกอบด้วยสมาชิกรัฐสภาทั้งหมดจากทั้งสองสภา ร่วมกับคณะกรรมการบริหารระดับจังหวัดและระดับท้องถิ่นทั้งหมด โดยที่ประชุมใหญ่นี้จะจัดขึ้นเฉพาะกรณีที่ต้องพิจารณาประเด็นระดับชาติเท่านั้น คือ ประเด็นที่เกี่ยวกับเอกราช อธิปไตยของชาติ และเกี่ยวกับดินแดน รวมถึงการฟ้องร้องประธานาธิบดี

1. ฝ่ายบริหาร

ประธานาธิบดีเป็นทั้งประมุขและหัวหน้าฝ่ายบริหาร มีรองประธานาธิบดี 2 คน ซึ่งทั้งหมดดำรงตำแหน่งโดยการรับเลือกตั้งจากประชาชน มีวาระ 5 ปี และประธานาธิบดีคนปัจจุบัน คือ นาย Hamid Karzai ทั้งนี้ รัฐธรรมนูญให้อำนาจประธานาธิบดีแต่งตั้งรัฐมนตรีร่วมบริหารประเทศ โดยต้องได้รับความเห็นชอบจากรัฐสภา และรัฐมนตรีมีจำนวนทั้งสิ้น 25 คน

1. ฝ่ายตุลาการ

ตามรัฐธรรมนูญฉบับใหม่กำหนดให้อัฟกานิสถานมีศาลฎีกา (Supreme Court) หรือเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า Stera Mahkama มีผู้พิพากษาจำนวน 9 คน แต่งตั้งโดยประธานาธิบดีและต้องให้สภาผู้แทนราษฎรให้ความเห็นชอบ ดำรงตำแหน่งวาระ 10 ปี รองลงมามีศาลสูง (High Court) และศาลอุทธรณ์ (Appeals Court) ด้วย

แม้รัฐธรรมนูญจะกำหนดหน่วยงานระดับจังหวัดและท้องถิ่น คือ คณะบริหารระดับจังหวัด (Provincial Council) และคณะบริหารระดับท้องถิ่น (Local District Council) แล้ว แต่ดังที่กล่าวข้างต้นว่า ระบบการบริหารการปกครองของอัฟกานิสถานยังจัดการได้ไม่ดีนัก เนื่องจากเป็นระบบที่วางขึ้นใหม่ และอำนาจของรัฐบาลกลางยังอ่อนแอ ความเชื่อมโยงของการบริหารอำนาจระหว่างท้องถิ่นกับส่วนกลางจึงยังขาดความชัดเจน