วิทยาลัยการแพทย์พื้นบ้านและการแพทย์ทางเลือก  มีจุดเริ่มต้นจากการวิจัยและพัฒนาองค์ความรู้การแำพทย์พื้นบ้านในมิติวัฒนธรรมสุขภาพ มาตั้งแตปี 2534 (World Decade-UNESCO) แต่วิจัยและพัฒนาระบบการแพทย์พื้นบ้านล้านนาอย่างจริงจังและ

เป็นรูปธรรม ตั้งแต่ปี 2543 ภายใต้การสนับสนุนอย่างต่อเนื่องจากสำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.ภาค) จนสามารถทำการสังคายนาองค์ความรู้ และจัดทำตำราอ้างอิงกลางของระบบการแพทย์พื้นบ้านล้านนาและการชนเผ่าภาคเหนือ กระทั่งกลายมาเป็น ทางเลือกหนึ่งของระบบบริการสุขภาพแห่งชาติในปัจจุบัน