RacCS203

RacCS203
การจำแนกชนิดไวรัส
ไม่ได้จัดลำดับ:	ไวรัส;
Realm:	Riboviria;
อาณาจักร:	Orthornavirae;
ไฟลัม:	Pisuviricota; Pisuviricota
ชั้น:	Pisoniviricetes;
อันดับ:	Nidovirales;
วงศ์:	Coronaviridae;
สกุล:	Betacoronavirus;
สกุลย่อย:	Sarbecovirus;
สปีชีส์:	Severe acute respiratory syndrome–related coronavirus

RacCS203 เป็นสายพันธุ์ของไวรัสโคโรนาที่เกี่ยวข้องกับกลุ่มอาการทางเดินหายใจเฉียบพลันรุนแรงซึ่งได้มาจากค้างคาว โดยรวบรวมได้จากค้างคาวมงกุฎยอดสั้นใหญ่ (อังกฤษ: Acuminate Horseshoe Bat) จากแหล่งต่าง ๆ ในประเทศไทย มีพันธุกรรมคล้ายคลึงกับสายพันธุ์ SARS-CoV-2 91.5% และเกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ RmYN02 มากที่สุด โปรตีนหนาม (spike) ของมันสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับโปรตีนหนามของ RmYN02 ซึ่งทั้งสองมีความแตกต่างอย่างมากจากโปรตีนหนามของ SARS-CoV-2^[1]^[2]

วิวัฒนาการชาติพันธุ์

ต้นไม้สายวิวัฒนาการ

ต้นไม้สายวิวัฒนาการจัดเรียงบนพื้นฐานของลำดับจีโนมทั้งหมดของสายพันธุ์ SARS-CoV-2 และไวรัสโคโรนาที่เกี่ยวข้องคือ:^[3]^[4]^[5]

SARS-CoV-2 related coronavirus

Rc-o319, 81% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus cornutus, อิวาเตะ, ญี่ปุ่น^[6]

	SL-ZXC21, 88% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, โจวชาน, เจ้อเจียง, จีน^[7]

	SL-ZC45, 88% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, โจวชาน, เจ้อเจียง, จีน^[7]

Pangolin SARSr-COV-GX, 89% เหมือนกับ SARS-COV-2, Manis javanica, ลักลอบค้าสัตว์ป่าในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้^[8]

Pangolin SARSr-COV-GD, 91% เหมือนกับ SARS-COV-2, Manis javanica, ลักลอบค้าสัตว์ป่าในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้^[9]

	RshSTT182, 92.6% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus shameli, สตึงแตรง, กัมพูชา^[5]

	RshSTT200, 92.6% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus shameli, สตึงแตรง, กัมพูชา^[5]

	RacCS203, 91.5% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus acuminatus, ฉะเชิงเทรา, ไทย^[4]

	RmYN02, 93.3% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus malayanus เมืองล้า, ยูนนาน, จีน^[10]

RpYN06, 94.4% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, สิบสองปันนา, ยูนนาน, จีน^[3]

	RaTG13, 96.1% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus affinis, มั่วเจียง, ยูนนาน, จีน

	SARS-CoV-2

SARS-CoV-1, 79% เหมือนกับ SARS-COV-2

การเปรียบเทียบจีโนม

SARS-CoV-2 เปรียบเทียบกับสายพันธุ์ SARSr-CoV อื่น (โดย % นิวคลิโอไทด์)^[11]
สายพันธุ์	ลำดับเบสทั้งจีโนม	ORF1ab	S	RBM	ORF3a	E	M	ORF6	ORF7a	ORF7b	ORF8	N	ORF10
RaTG13	96.10%	96.50%	92.30%	86.30%	96.30%	99.60%	95.50%	98.40%	95.60%	99.20%	97.00%	96.90%	99.20%
RmYN02	93.60%	97.10%	72.50%	61.90%	96.40%	98.70%	94.80%	96.80%	96.20%	91.00%	48.70%	97.30%	99.20%
RacCS203	91.50%	94.30%	71.30%	61.60%	91.90%	99.10%	94.60%	96.20%	92.40%	93.90%	91.60%	93.20%	99.20%
GD/1/2019	90.20%	90.20%	83.70%	86.90%	93.20%	99.10%	93.30%	95.70%	93.40%	91.70%	92.10%	96.20%	99.20%
SL-ZC45	87.70%	89.00%	75.50%	62.50%	87.80%	98.70%	93.40%	94.60%	88.80%	94.70%	88.50%	91.10%	99.20%
SL-ZXC21	87.50%	88.70%	74.90%	61.60%	88.90%	98.70%	93.40%	94.60%	89.10%	95.50%	88.50%	91.20%	99.20%
GX-P4L	85.40%	84.80%	83.60%	80.00%	86.80%	97.40%	91.30%	90.90%	86.60%	83.50%	81.30%	91.00%	88.90%
GX-P5L	85.20%	84.60%	83.30%	79.90%	87.00%	97.40%	91.30%	90.90%	86.40%	83.50%	80.70%	91.00%	94.00%
SARS-CoV	79.30%	79.70%	72.30%	71.90%	75.30%	93.50%	85.50%	75.50%	82.10%	83.80%	45.80%	88.20%	93.20%
Rc-o319	79.20%	79.80%	72.20%	70.10%	83.30%	97.40%	86.60%	86.60%	78.40%	77.30%	52.30%	88.30%	94.90%

SARS-CoV-2 เปรียบเทียบกับสายพันธุ์ SARSr-CoV อื่น (โดย % กรดอะมิโน)^[11]
สายพันธุ์	ลำดับเบสทั้งจีโนม	ORF1ab	S	RBM	ORF3a	E	M	ORF6	ORF7a	ORF7b	ORF8	N	ORF10
RaTG13		98.50%	97.30%	90.10%	97.80%	100.00%	99.60%	100.00%	97.50%	97.70%	95.00%	99.10%	97.40%
RmYN02		98.80%	72.40%	63.20%	96.70%	100.00%	98.70%	96.70%	95.90%	83.70%	28.20%	98.60%	97.40%
RacCS203		97.30%	72.30%	63.70%	97.50%	100.00%	99.10%	98.40%	95.90%	93.00%	94.20%	95.70%	-
GD/1/2019		96.70%	90.00%	96.90%	97.10%	100.00%	98.70%	96.70%	97.50%	95.40%	95.00%	97.90%	97.40%
SL-ZC45		95.60%	80.20%	65.90%	90.90%	100.00%	98.70%	93.40%	87.60%	93.00%	94.20%	94.30%	97.40%
SL-ZXC21		95.20%	79.70%	65.90%	92.00%	100.00%	98.70%	93.40%	88.40%	93.00%	94.20%	94.30%	-
GX-P4L		92.50%	92.30%	86.60%	89.50%	100.00%	98.20%	95.10%	88.40%	-	87.60%	93.60%	73.70%
GX-P5L		92.50%	92.40%	86.60%	89.80%	100.00%	98.20%	95.10%	88.40%	72.10%	87.60%	93.80%	84.20%
SARS-CoV		86.10%	75.80%	73.10%	72.40%	94.70%	90.50%	67.20%	85.30%	81.40%	-	90.50%	81.60%
Rc-o319		87.60%	76.20%	73.50%	87.00%	98.70%	91.00%	83.60%	73.80%	69.80%	26.80%	89.50%	86.80%

ดูเพิ่ม

RaTG13, 96.2% คล้ายคลึงกับ SARS-COV-2
RmYN02, 93.3% คล้ายคลึงกับ SARS-COV-2

อ้างอิง

↑ Wacharapluesadee, S; Tan, CW; Maneeorn, P; Duengkae, P; Zhu, F; Joyjinda, Y; Kaewpom, T; Chia, WN; Ampoot, W; Lim, BL; Worachotsueptrakun, K; Chen, VC; Sirichan, N; Ruchisrisarod, C; Rodpan, A; Noradechanon, K; Phaichana, T; Jantarat, N; Thongnumchaima, B; Tu, C; Crameri, G; Stokes, MM; Hemachudha, T; Wang, LF (9 February 2021). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications. 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. PMC 7873279. PMID 33563978.
↑ "Coronavirus: Bat scientists find new evidence". BBC News. 10 February 2021.
↑ ^3.0 ^3.1 Zhou H, Ji J, Chen X, Bi Y, Li J, Wang Q, และคณะ (June 2021). "Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses". Cell: S0092867421007091. doi:10.1016/j.cell.2021.06.008. PMID 34147139.
↑ ^4.0 ^4.1 Wacharapluesadee S, Tan CW, Maneeorn P, Duengkae P, Zhu F, Joyjinda Y, และคณะ (February 2021). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications. 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. PMC 7873279. PMID 33563978.
↑ ^5.0 ^5.1 ^5.2 Hul V, Delaune D, Karlsson EA, Hassanin A, Tey PO, Baidaliuk A, และคณะ (26 January 2021). "A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia". bioRxiv (ภาษาอังกฤษ). pp. 2021.01.26.428212. doi:10.1101/2021.01.26.428212.
↑ Murakami S, Kitamura T, Suzuki J, Sato R, Aoi T, Fujii M, และคณะ (December 2020). "Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan". Emerging Infectious Diseases. 26 (12): 3025–3029. doi:10.3201/eid2612.203386. PMC 7706965. PMID 33219796.
↑ ^7.0 ^7.1 Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y, และคณะ (June 2020). "A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein". Current Biology. 30 (11): 2196–2203.e3. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023. PMID 32416074.
↑ Lam TT, Jia N, Zhang YW, Shum MH, Jiang JF, Zhu HC, และคณะ (July 2020). "Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins". Nature. 583 (7815): 282–285. doi:10.1038/s41586-020-2169-0. PMID 32218527.
↑ Liu P, Jiang JZ, Wan XF, Hua Y, Li L, Zhou J, และคณะ (May 2020). "Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)?". PLoS Pathogens. 16 (5): e1008421. doi:10.1371/journal.ppat.1008421. PMID 32407364.
↑ Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y, และคณะ (June 2020). "A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein". Current Biology. 30 (11): 2196–2203.e3. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023. PMID 32416074.
↑ ^11.0 ^11.1 Wacharapluesadee, Supaporn; Tan, Chee Wah; Maneeorn, Patarapol; Duengkae, Prateep; Zhu, Feng; Joyjinda, Yutthana; Kaewpom, Thongchai; Chia, Wan Ni; Ampoot, Weenassarin; Lim, Beng Lee; Worachotsueptrakun, Kanthita (2021-02-09). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications (ภาษาอังกฤษ). 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. ISSN 2041-1723. PMC 7873279.

บทความไวรัสนี้ยังเป็นโครง คุณสามารถช่วยวิกิพีเดียได้โดยการเพิ่มเติมข้อมูล

[:0-1] Wacharapluesadee, S; Tan, CW; Maneeorn, P; Duengkae, P; Zhu, F; Joyjinda, Y; Kaewpom, T; Chia, WN; Ampoot, W; Lim, BL; Worachotsueptrakun, K; Chen, VC; Sirichan, N; Ruchisrisarod, C; Rodpan, A; Noradechanon, K; Phaichana, T; Jantarat, N; Thongnumchaima, B; Tu, C; Crameri, G; Stokes, MM; Hemachudha, T; Wang, LF (9 February 2021). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications. 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. PMC 7873279. PMID 33563978.

[BBC-2] "Coronavirus: Bat scientists find new evidence". BBC News. 10 February 2021.

[RpYN06-3] 3.0 ^3.1 Zhou H, Ji J, Chen X, Bi Y, Li J, Wang Q, และคณะ (June 2021). "Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses". Cell: S0092867421007091. doi:10.1016/j.cell.2021.06.008. PMID 34147139.

[RacCS203-4] 4.0 ^4.1 Wacharapluesadee S, Tan CW, Maneeorn P, Duengkae P, Zhu F, Joyjinda Y, และคณะ (February 2021). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications. 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. PMC 7873279. PMID 33563978.

[RshSTT-5] 5.0 ^5.1 ^5.2 Hul V, Delaune D, Karlsson EA, Hassanin A, Tey PO, Baidaliuk A, และคณะ (26 January 2021). "A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia". bioRxiv (ภาษาอังกฤษ). pp. 2021.01.26.428212. doi:10.1101/2021.01.26.428212.

[Rc-o319-6] Murakami S, Kitamura T, Suzuki J, Sato R, Aoi T, Fujii M, และคณะ (December 2020). "Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan". Emerging Infectious Diseases. 26 (12): 3025–3029. doi:10.3201/eid2612.203386. PMC 7706965. PMID 33219796.

[ZXC21-7] 7.0 ^7.1 Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y, และคณะ (June 2020). "A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein". Current Biology. 30 (11): 2196–2203.e3. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023. PMID 32416074.

[GX-8] Lam TT, Jia N, Zhang YW, Shum MH, Jiang JF, Zhu HC, และคณะ (July 2020). "Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins". Nature. 583 (7815): 282–285. doi:10.1038/s41586-020-2169-0. PMID 32218527.

[GD-9] Liu P, Jiang JZ, Wan XF, Hua Y, Li L, Zhou J, และคณะ (May 2020). "Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)?". PLoS Pathogens. 16 (5): e1008421. doi:10.1371/journal.ppat.1008421. PMID 32407364.

[RmYN02-10] Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y, และคณะ (June 2020). "A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein". Current Biology. 30 (11): 2196–2203.e3. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023. PMID 32416074.

[:1-11] 11.0 ^11.1 Wacharapluesadee, Supaporn; Tan, Chee Wah; Maneeorn, Patarapol; Duengkae, Prateep; Zhu, Feng; Joyjinda, Yutthana; Kaewpom, Thongchai; Chia, Wan Ni; Ampoot, Weenassarin; Lim, Beng Lee; Worachotsueptrakun, Kanthita (2021-02-09). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications (ภาษาอังกฤษ). 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. ISSN 2041-1723. PMC 7873279.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]