Hikâye, Ağustos 2005 tarihinde, Katrina Kasırgası yaklaşırken New Orleans hastanesinde ölüm döşeğinde olan Daisy'nin, kızı Caroline'a bir günlüğü okutmasıyla başlar. Günlük, Benjamin Button tarafından yazılmıştır.
11 Kasım 1918'de, New Orleans halkı I. Dünya Savaşı'nın bitişini kutlarken; bir bebek 86 yaşındaki bir adamın fiziksel görünüşü ile doğar. Bebeğin annesi doğumdan kısa bir süre sonra ölür ve babası, Thomas Button, bebeği bir huzurevinin önüne bırakır. Huzurevinde çalışan Afrikalı-Amerikan çift Queenie (Henson) ve Tizzy (Ali) bebeği bulurlar. Hamile kalamayan Queenie, kardeşinin bebeği gibi tanıtarak kendi başına büyütmeye karar verdiği bebeğe Benjamin ismini verir.
Başta uzun süre yaşamayacağı beklenen Benjamin, zaman geçtikçe fiziksel olarak gelişim göstermeye başlar. Önce tekerlekli sandalyeyle hareket ederken, zamanla koltuk değneğiyle yürümeye, sonra da destek almadan yürümeye başlar. 1930'da hâla yetmişli yaşlarında görünürken, büyükannesi huzurevinde yaşayan Daisy (Fanning) ile tanışır. Benjamin ve Daisy birlikte oynarlar.
Birkaç yıl sonra, Benjamin, tesadüfen tanıştığı Kaptan Mike'ın New Orleans rıhtımındaki römorköründe çalışmaya başlar. Mike boş zamanlarında Benjamin'i barlara ve genelevlere götürür. İlk gittiğinde Benjamin, babası olduğunu belli etmeyen Thomas Button'la tanışır. Sonra, uzun süreli bir iş için New Orleans'tan ayrılır.
1941'de Benjamin, römorkör seferiyle gittiği Rusya'da Elizabeth Abbott (Tilda Swinton) adlı bir İngiliz kadınla tanışır. Yeni evli Elizabeth, İngiltere'nin Murmansk'taki ticaret ataşesi olarak çalışan eşiyle birlikte İngiliz hükûmeti adına casusluk yapmaktadır. Elizabeth ve Benjamin'in bir gece başlayan dostça sohbetleri zamanla gizli bir ilişkiye dönüşür. Bir gün, 8 Aralık 1941 sabahında (Pearl Harbor Saldırısı'ndan sonra) Elizabeth beklenmedik şekilde ayrılır ve arkasında bir not bırakır: "Seninle tanışmak güzeldi." Bu esnada Kaptan Mike römorkörüyle ABD donanmasına destek vermeye karar verir ve Benjamin de onunla birlikte savaş bölgesine gider. Römorkör çatışma bölgesine vardığında ateş altında kalır ve saldırıda Kaptan Mike hayatını kaybederken Benjamin ABD donanması tarafından kurtarılır.
1945'te, Benjamin New Orleans'a döner ve yine Thomas Button'la karşılaşır. Thomas kendisinin babası olduğunu söyler ve Benjamin'e evini ve aile şirketini de içeren bütün servetini miras olarak bırakacağını açıklar. Benjamin bu gelişmeden hoşnut olmasa da, ölümcül hastalığa yakalanmış olan babasının son anlarında yanında olur.
Benjamin, Daisy'nin New York'ta başarılı bir dansçı olduğunu öğrenir. 1947'de Benjamin New York'ta Daisy'yi habersiz ziyaret eder, ancak başka birine aşık olduğunu görür.
Daisy 1954'te, dans turu vesilesiyle bulunduğu Paris'te, dans kariyerinin bitmesine neden olan bir araba kazası geçirir. Benjamin Daisy'nin bir arkadaşından gelen telgraf üzerine hemen Paris'e gider. Daisy, Benjamin'i genç görünümüyle gördüğünde şaşırır, başta sevinmesine rağmen Benjamin'e hayatından çıkmasını söyler. Benjamin ise, Daisy'nin iyileştiğinden emin olana kadar gizlice Paris'te kalır.
1962'de, Benjamin New Orleans'a geri döner. Annesinin evine döndüğünde Daisy'nin evde onu beklediğini fark eder. Şimdi karşılaştırılabilir fiziksel yaştadırlar, birbirlerine aşık olurlar ve birlikte yeni bir hayata yelken açarlar. Bu günden sonra Benjamin ve Daisy ilk kez ilişki yaşamaya başlarlar. Benjamin, babası Thomas Button'dan miras kalan evi satar ve Daisy ile bir dubleks eve taşınırlar. Çift, Daisy'nin yaşlanırken Benjamin'in gençleşmesi olayıyla mücadele ederken, 1967'de bir bale stüdyosu açan Daisy, Benjamin'e hamile olduğunu söyler; 1968 ilkbaharında Caroline adında kızını doğurur. Benjamin, devamlı ters yaşlanma nedeniyle, uzun süreli gerçek bir baba olamayacağına inanır ve Caroline bir yaşına geldiğinde, bütün servetini ve malvarlığını Daisy'ye bırakıp evden ayrılmaya karar verir. Daisy ve Caroline'i geride bırakır.
1970'lerde tek başına Hindistan'da yaşayan ve seyahatler yapan Benjamin, 1980'de ABD'ye 23 yaşındaki haliyle döndüğünde Daisy'nin dul bir adamla evlendiğini ve kızlarının büyümüş olduğunu görür. Daisy onu bir aile dostu olarak kocasına ve kızına tanıtır. Karışık duygular içindeki Daisy, Benjamin'i otelinde son kez ziyaret eder, burada tekrar birbirlerine olan tutkularını paylaşırlar, sonra bir kez daha ayrılırlar.
1990'da dul Daisy, bakımevi görevlilerinden bir telefon alır, Benjamin'in terk edilmiş bir evde bulunduğunu öğrenir. Görevliler, hastanede tedavi edilen Benjamin'i, büyüdüğü huzurevine getirmişlerdir. Sosyal hizmet uzmanları Benjamin'in demansın erken belirtilerini gösterdiğini söyler. Görevlilerin kendisine teslim ettikleri günlüğü alan Daisy, her gün huzurevine uğrar ve Benjamin'le ilgilenir. 1997'de ise huzurevine taşınır. 2003 yılına gelindiğinde, doğumunun üzerinden 84,5 yıl geçen ama fiziksel olarak bebek haline gelmiş olan Benjamin, Daisy'nin kollarında iken gözlerini kapatır ve sessizce hayata veda eder.
Caroline, Benjamin'in günlüğünü okuyarak babası hakkındaki gerçeği öğrendikten sonra Daisy, hastanedeki yatağında Katrina Kasırgası iyice yaklaşmaktayken hayatını kaybeder. Son sözü İyi geceler Benjamin olur.
Olayların kronolojisi
Benjamin'in ölümüne kalan sürenin o anki görünümünü yansıttığı hesap edildiğinde, filmde yaşanan olayların sıralaması aşağıdaki şekildedir:
11 Kasım 1918 – Benjamin dünyaya gelir.
1923 – Daisy dünyaya gelir.
1925 – Benjamin yürümeye başlar.
27 Kasım 1930 – Benjamin ve Daisy ilk kez tanışırlar.
1937 sonbaharı – Benjamin römorkörde çalışmak üzere New Orleans'tan ayrılır. Bu sırada gerçekte 19, görünürde 66 yaşındadır.
1941 kışı – Benjamin, Murmansk'taki bir otelde kalırken Elizabeth Abbott'la ilişki yaşar.
Mayıs 1945 – Benjamin New Orleans'taki evine döner, Tizzy'nin ölmüş olduğunu öğrenir.
1945 yazı – Benjamin ve Daisy ilk kez yemeğe çıkarlar. Daisy 22 yaşındadır; Benjamin ise gerçekte 27, görünürde 58 yaşındadır. Aynı gece Benjamin, Daisy'nin cinsel ilişki girişimini reddeder ve çift tatsız biçimde ayrılır.
1945 – Thomas Button, Benjamin'e babası olduğunu söyler ve kısa süre sonra ölür.
1947 – Benjamin aniden New York'a giderek Daisy'ye çıkma teklif eder, ama Daisy'nin başkasıyla ilişkisi olduğunu görüp şehirden ayrılır.
1954 – Daisy Paris'te trafik kazası geçirir ve dans kariyeri son bulur. Daisy hastanedeyken Benjamin ziyaretine gider. Daisy 31 yaşındadır; Benjamin ise gerçekte 36, görünürde 49 yaşındadır.
1962 – Benjamin'in bir gün New Orleans'ta büyüdüğü eve döndüğünde Daisy'yi kendisini bekler halde bulur. Çift ilk kez ilişki yaşamaya başlar. Daisy 39 yaşındadır; Benjamin ise gerçekte 44, görünürde 41 yaşındadır. Kısa süre sonra Queenie hayatını kaybeder.
1967 – Daisy 43 yaşındayken hamile kalır, Benjamin'e haberi verirken “neredeyse yaşıt” olduklarını söyler.
1968 ilkbaharı – Daisy ve Benjamin'in kızları Caroline dünyaya gelir. Daisy 44 yaşındadır; Benjamin ise gerçekte 50, görünürde 35 yaşındadır.
1969 – Benjamin, Caroline'ın birinci yaş gününden sonra evi terk eder ve 1970'li yılları Hindistan'da geçirir.
1980 – Benjamin ABD'ye döner ve Daisy'yi ziyaret eder. Bu ziyaret sırasında 12 yaşındaki kızı Caroline'ı ve Daisy'nin yeni kocasını ilk kez görür. Daisy aynı gece Benjamin'in otel odasına gider. Çiftin yetişkin hallerindeki son görüşmeleri olan bu gecede Daisy 57 yaşındadır; Benjamin ise gerçekte 62, görünürde 23 yaşındadır.
1990 – Kocası ölmüş olan Daisy, kendisine gelen telefon üzerine Benjamin'in New Orleans'ta büyüdüğü ev olan huzurevine gider. 13 yaşında görünen Benjamin hafızasını kaybetmiş ve çocuk gibi davranmaya başlamıştır. O gün 67 yaşında olan Daisy, sonrasında her gün Benjamin'i ziyaret eder.
1997 – Daisy, Benjamin'in büyüdüğü ev olan huzurevine yerleşir.
2003 ilkbaharı – Bebek haline gelmiş olan Benjamin, doğumunun 85. yılında hayata gözlerini yumar. Daisy 80 yaşındadır.
Ağustos 2005 – Daisy 82 yaşındayken hastanede hayatını kaybeder.
