Paris Saint-Germain altyapısında yetişen Maignan, birkaç kez yedek kulübesinde yer alsa da maça çıkmamıştır. 2015 yılında 1 milyon € bonservis bedeli karşılığında Lille'e transfer olmuş orada birinci kaleci olmuştur. 2018-19 sezonunda Ligue 1'de yılın kalecisi seçilmiştir.
Haziran 2013'te Maignan, takımla ilk profesyonel sözleşmesini üç yıllık imzaladı.[4] 18 Aralık'ta ilk kez maç günü kadrosunda yer alan kaleci, Coupe de la Ligue son 16'sında karşılaştıkları ve 2-1 yendikleri Saint-Étienne karşısında Nicolas Douchez'in yedeği olarak yedek kulübesinde oturdu.[5] 19 Ocak 2014 tarihinde ilk kez Ligue 1'de Prensler Parkı yapılan ve 5-0 yendikleri Nantes karşısında Salvatore Sirigu'nun yedeğiydi.[6]
Lille
Ağustos 2015'te Maignan, diğer bir Ligue 1 kulübü olan Lille'e 1 milyon € bonservis bedeli karşılığında transfer olurken, takımla beş yıllık sözleşme imzaladı.[7] İlk profesyonel maçına 18 Eylül'de 1-1 berabere kaldıkları Rennes karşısında çıkarken, 69. dakikada kırmızı kartla Vincent Enyeama'nın oyun dışı kalması üzerine Yassine Benzia'nın yerine oyuna dâhil oldu. Ardından topa ilk dokunuşunda Paul-Georges Ntep'in penaltısını kurtardı.[8]
2017-18 sezonunda teknik direktör Marcelo Bielsa, tecrübeli Enyeama'nın yerine Maignan'ı oynatmaya başladı. Sezonun ikinci maçında, 3-0 yenildikleri Strasbourg maçında, son dakikalarda başlattığı top Nicolas de Préville'e geldi ve ondan gol yedi.[9] Lille'in PSG'yi ikinci olarak takip edip ikinci bitirdi sonraki sezonda Trophées UNFP du football tarafından yılın kalecisi seçildi. Sezon boyunca 30 gol yiyen kaleci, 17 maçta gol yemedi, 233 kurtarış yaptı ve üç penaltı kurtardı.[10]
