Малював портрети та різні релігійні композиції. Ранні роботи Джованні Белліні створені під впливом його шурина Мантенья.
Особистий стиль Джованні виробився у 70-ті роки XV століття («Мадонна під деревом», 1487 рік; «Мадонна зі святими», 1488).
З картини «Мадонна зі святими» (1505 рік) починається останній період творчості митця 1505. Наприкінці життя Белліні став найкращим живописцем пейзажів. Альбрехт Дюрер писав про нього у 1506 році: «Він дуже старий, але він усе ще найкращий художник».
Стиль Джованні Белліні коливався від статичної манери венеційських робіт середини XV сторіччя до гармонії і пишноти робіт епохи Високого Відродження, як, наприклад, у вівтаріЦеркви Святого Захарія, Венеція (1505). Митець запровадив м'які тони, гармонію в композицію і використовував світлі кольори, що гарно вплинуло на наступне покоління живописців. На само́го ж митця, вважається, вплинула голландська школа з її зосередженням на деталях. Цей же вплив, водночас не приводить митця до еклектизму, йому вдається дуже гармонійно поєднувати найкращі здобутки сучасних йому образотворчих шкіл.
У Джованні Белліні різноманітна тематика, чимало Мадонн. Визначна новація — введення у картину пейзажу, причому не пов'язаного з основним сюжетом художнього твору. Твори митця — емоційні, але дуже м'які, дарують відчуття спокою і благодаті.
Художник писав переважно олійними фарбами, а не темперою. Са́ме з серед. 70-х рр. XV ст. Джованні оволодів новою для Венеції технікою олійного живопису. Колорит майстра набув насиченості й теплоти. Твори Джованні Белліні (Мадонни, вівтарні образи, сцени з Євангелія на тлі пейзажу, алегорії та портрети) відзначаються спокійною величчю, глибиною почуття та поетичністю.
Як офіційний художник Венеційської республіки, малював портрети дожів, що очолювали уряд. Після смерті Джованні Белліні цю посаду отримав Тіціан.
Для релігійного живопису України цікава спроба Белліні використати надбання Візантії в своєму творі «Мадонна з грецьким написом» (Мілан, Брера). Відомо, що візантійські греки постійно емігрували до Італії та Венеції. Привозили вони й свої ікони, які зберігали давні, непривабливі італійцям канони (площинність, суворість образів, знакове зображення середовища замість реального, підкорення давнім авторитетам, відмова від пошуків нового). Майстри Венеції залишили все це в минулому й навернулися до привабливої реальності. Джованні таки пригадав давні канони (сумна Богородиця, тло без краєвидів, одноманітні фарби), але багато й нового. Жоден сучасний майстер грек не зміг би так намалювати зморшки одягу Богородиці чи обличчя маленького Христа. Призначення образу православним підтверджує й грецький напис зверху, як на іконі, що дав пізню назву твору.
Художник-гуманіст, Джованні Белліні виступає як сміливий новатор, творчість якого підводить венеційських майстрів до розквіту Високого Відродження, таким чином Белліні зробив венеційську мистецьку школу найкращою у добу Ренесансу і однією з головних у західному мистецтві.
Саме це вберегло картину від реквізиції в радянські часи та продажу за кордон, як вивезли й продали оригінал Лукаса Кранаха старшого з цього ж музею, назавжди втраченого Україною.
Оригінал Джованні Белліні розпізнав італієць Д.Фьокко лише у 1958 році, коли картини з музеїв СРСР продавали нечасто.