Орта-Джамі була центральною мечеттю для проведення п'ятничної молитви. Згідно з судовим реєстром Кримського ханства, перша документальна згадка сягає 1674 року, вона згадується як квартальна мечеть столиці.
У 1736 році, коли Бахчисарай був захоплений та спалений російськими військами генерала графа Бурхарда Мініха, мечеть зазнала руйнувань. Остаточно реставрована та добудована у 1737–1743 роках за правління двох братів-ханів: Менґлі II Ґерая та Селямет II Ґерая[2].
Старший, Менґлі II Ґерай, прославився як захисник Криму у скрутні часи — організував відсіч військовим вторгненням на півострів та післявоєнне облаштування Криму. Молодший брат, Селямет II Ґерай, зайняв трон після смерті Менґлі та увійшов до історії як «Хан-відновник». Крім того, брати увійшли до історії як видатні правителі та благодійники, а також теологи та літератори.
У 1861 році мечеть перебудована парафіянами та здобула свій нинішній архітектурний вигляд.
У 2001 році рішенням 20-ї сесії Бахчисарайської районної ради 23-го скликання від 18.07.2001 р. будівля мечеті була повернена мусульманській спільноті «Мустафа-Джамі»[1].
У 2012 році родина Рустема Умєрова виступила ініціатором реставрації мечеті Орта-Джамі. Фінансування забезпечувалося особистими коштами Умєрових. Реалізація ініціативи стартувала у рамках національного проєкту відновлення культурної та історичної спадщини Криму.
16 серпня 2013 року відбулося урочисте відкриття історично реконструйованої мечеті, яка не діяла близько 95 років. З цієї нагоди Мустафа Джемілєв передав сім'ї Умєрових обрамлений золотом Коран дамаського видання, який він отримав із рук муфтія головної мечеті Мекки Аль-Салломи, перебуваючи в малому паломництві у священний місяць Рамадан[3]. Коран зберігається в Орта-Джамі.
Бахчисарай: Историко-археологический музей: Фотоальбом / авт. текста И. И. Чурилов; фот.: Е. Л. Векслерчик, Ю. А. Нейман. — К.: Мистецтво, 1976. — 94 с.(рос.)
Бахчисарай: Фотокнига / авт. кол. П. Ф. Купровський; фотогр. А. В. Митюри; текст В. М. Скрипченка. — Сімферополь: Таврія, 1986. — 128 с.
Гарагуля, В. К. Бахчисарай. — Симферополь, 1973. — 64 с.(рос.)
Нагаевская, Е. В. Бахчисарай. — Симферополь, 1979. — 144 с.(рос.)
