Отримав освіту в галузі фізичного виховання у Німецькому спортивному університеті в Кельні. Згодом повернувся на батьківщину, де працював університетським викладачем та читав курси у місцевій тренерській школі. Паралельно відвідував тренерські курси, що проводилися ФІФА.
Як тренер починав працювати з юнацькими і молодіжними збірними Колумбії. Протягом другої половини 1990-х також працював з клубними командами — був тренером в клубах «Кортулуа» і «Депортіво Калі».
Проте уперше Руеда став по-справжньому відомим все ж як тренер молодіжної збірної Колумбії. Зі збірною Колумбії U-20 він зайняв третє місце на Молодіжному чемпіонаті світу 2003. Також він вивів команду U-17 на четверте місце в тому ж році на Юнацькому чемпіонаті світу.
2006 року очолив збірну Гондурасу, яка під його керівництвом вдалося вийти на чемпіонат світу з футболу 2010 у ПАР. На мундіалі команда Руеди виступила посередньо, не забивши жодного гола у трьох матчах і здобувши у своїй групі лише одне очко за рахунок нульової нічиєї у грі проти швейцарців.
Після мундіалю 2010 року залишив Гондурас, натомість очоливши національну збірну Еквадору. Вивів цю команду до фінальної частини чемпіонату світу 2014 року. Друга для Руеди світова першість виявилася більш успішною — хоча Еквадор й не подолав груповий етап, але записав до свого активу перемогу над попередньою командою свого тренера, Гондурасом, а також нічию у грі з основними фаворитами групи, французами, які, щоправда, на той момент вже завчасно забезпечили собі перше місце у групі.
Після завершення світової першості 2014 року залишив Еквадор і повернувся до клубної роботи. Протягом 2015–2017 років працював на батьківщині з «Атлетіко Насьйональ», а також з бразильським «Фламенгу».
