Tháng 1 năm 2018, ông được Agnès Buzyn chọn làm Tổng cục trưởng Cục Y tế Pháp.[4]
Đại dịch COVID-19
Jérôme Salomon được biết đến ở Pháp kể từ đại dịch COVID-19, đưa ra những tuyên bố hàng ngày về phân tích xu hướng hàng ngày và tình hình trong nước, tình trạng của những người được chẩn đoán. Người ta nói vào tháng 3 năm 2020 rằng vị trí của ông rất khó khăn vì ông đã cảnh báo Emmanuel Macron ngay từ năm 2016 rằng Pháp không chuẩn bị về hậu quả của một đại dịch có thể xảy ra nhưng bây giờ được yêu cầu phải biện minh cho các hành động của chính phủ Pháp hiện tại.[2][5]
^ abc“Le Pr Jérôme Salomon nommé directeur général de la Santé”. lequotidiendumedecin.fr. ngày 3 tháng 1 năm 2018. Truy cập ngày 11 tháng 4 năm 2020. Le Pr Jérôme Salomon, praticien à l'hôpital Raymond-Poincaré de Garches (Hauts-de-Seine), spécialiste des maladies infectieuses et tropicales et de santé publique, a été nommé directeur général de la Santé, mercredi en conseil des ministres, son mandat devant débuter lundi. À 48 ans, il succédera au Pr Benoît Vallet, lui-même nommé « conseiller maître à la Cour des comptes » après plus de quatre ans passés à la tête de la Direction générale de la santé, selon le compte rendu du conseil des ministres.
^ ab“10 choses à savoir sur Jérôme Salomon, le visage de la lutte contre le Covid-19 en France”. L'Obs. ngày 17 tháng 3 năm 2020. Truy cập ngày 11 tháng 4 năm 2020. L’homme n’est pas novice en politique. Il s’y frotte depuis vingt ans, d’abord aux côtés du PS, puis du mouvement En Marche ! Il a été expert santé et recherche auprès de la fondation Terra Nova en 2010, puis conseiller chargé de la sécurité sanitaire auprès de la ministre de la Santé Marisol Touraine de 2013 à 2015. En 2016, il rallie Emmanuel Macron et participe à la rédaction du volet santé du programme du candidat.