Maria Antonia có hệ số cận huyết cao nhất trong Vương tộc Habsburg là 0,3053.[3] Cha của Maria Antonia là cậu của Margarita Teresa, mẹ của Hoàng nữ và ông bà ngoại của Maria Antonia cũng là bác bên ngoại và cháu gái.[3]
Từ khi còn nhỏ, Maria Antonia đã là một người thông minh và có học thức và có chung niềm đam mê âm nhạc như cha mẹ của mình.
Quốc vương Habsburg cuối cùng của Tây Ban Nha là Carlos II không có con do bị dị tật và bệnh tật nghiêm trọng. Theo luật kế vị ở Tây Ban Nha, Maria Antonia sẽ được thừa kế ngai vàng nếu Nữ Đại vương công sống đủ lâu vì Hoàng nữ là người con duy nhất còn sống của Margarita Teresa của Tây Ban Nha, chị gái của Carlos II. Trong thời thơ ấu của Hoàng nữ, đã có quyết định rằng Maria Antonia sẽ kết hôn với Carlos II nhưng kế hoạch không thành công do hoàn cảnh chính trị.[4][5]
Tuyển hầu phu nhân xứ Bayern
Ngày 15 tháng 7 năm 1865, tại Viên, Maria Antonia kết hôn với Maximilian II Emanuel xứ Bayern.[1] Cuộc hôn nhân với một nữ thừa kế ngai vàng Tây Ban Nha, đối với Thái hậu Maria Anna của Tây Ban Nha, đã đưa Vương tộc Wittelsbach ở Bayern đến gần với ngai vàng Tây Ban Nha qua nhánh Áo của Vươngtoc656 Habsburg. Sự trung thành với Vương triều Tây Ban Nha của Maria Anna hướng về hậu duệ của con gái Margarita Teresa là Maria Antonia cùng gia đình của cháu ngoại. Điều này khiến cho Maria Anna ở thế đối nghịch với em trai Leopold I, người mong muốn con trai của mình được kế vị ngai vàng hơn.[6] Bản thân Maximilian kết hôn với Maria Antonia với hy vọng có thể có được ngai vàng Tây Ban Nha thông qua quyền kế vị của Maria Antonia. Cuộc hôn nhân của hai người rất không hạnh phúc, vì Maximilian có tính hướng ngoại trong khi Maria Antonia là người hướng nội và nghiêm túc cũng như là cả hai có rất ít điểm chung. Maria Antonia được cho là đã rất phiền lòng vì sự không chung thủy của Maximilian II. Khi Maximilian II được bổ nhiệm làm thống đốc của Hà Lan thuộc Tây Ban Nha và rời đến Bruxelles cùng với tình nhân là Nữ Bá tước xứ Canozza, Maria Antonia đã đến gặp cha ở Viên để sinh con, và nhiều người cho rằng Bà Tuyển hầu không có ý định quay lại với Maximilian. Maria Antonia qua đời năm 1962 vì bị nhiễm trùng hậu sản sau khi sinh người con trai là Joseph Ferdinand của Bayern.
Theo ý nguyện trước lúc lâm chung, Maria Antonia Josepha đã từ bỏ quyền thừa kế của mình và hậu duệ đối với Vương quyền Tây Ban Nha, nhằm ngăn chặn chồng có được ngai vàng Tây Ban Nha và tuyên bố rằng tài sản của mình sẽ được kế thừa bởi con trai, và nếu con trai qua đời thì tài sản sẽ được thừa kế bởi Hoàng đế Leopold I và người thân.[4][5] Dù đã từ bỏ quyền thừa kế của con trai, Joseph Ferdinand vẫn là người thừa kế lâm thời của Tây Ban Nha cho đến khi qua đời.[6][7]
Hậu duệ
Leopold Ferdinand của Bayern (22 tháng 5 năm 1689) qua đời khi mới sinh.
Anton của Bayern (19 tháng 11 năm 1690) qua đời khi mới sinh.