Babak grup Liga Champions UEFA 1998–1999 dimulai pada 16 September 1998 dan berakhir pada 9 Desember 1998. Delapan tim lolos otomatis ke babak grup, sedangkan 16 lainnya lolos melalui babak kualifikasi. Ke-24 tim dibagi menjadi enam grup yang terdiri dari empat tim, dan tim di setiap grup bermain melawan satu sama lain dengan sistem kandang dan tandang, artinya setiap tim memainkan total enam pertandingan grup. Untuk setiap kemenangan, tim diberikan tiga poin, dengan satu poin diberikan untuk setiap seri.
Penempatan
Penempatan didasarkan pada peringkat asosiasi UEFA tahun 1998,[1] similarly to the previous season.[2] Pemegang gelar dan juara negara peringkat 1–5 dimasukkan ke dalam Pot 1. Juara negara peringkat 6–7 serta runner-up negara peringkat 1–5 (kecuali Prancis) membentuk Pot 2. Sisa runner-up yang memenuhi syarat (dari negara 6–8) dan juara dari tiga negara teratas dengan peringkat di bawah 7 membentuk Pot 3. Terakhir, enam juara nasional yang tersisa membentuk Pot 4.
Kunci warna dalam tabel grup
Pemenang grup dan runner-up peringkat terbaik maju ke babak gugur
^CET (UTC+1) untuk pertandingan mulai 4 November 1998, dan CEST (UTC+2) untuk pertandingan hingga 21 Oktober 1998.
^Awalnya dijadwalkan pada 25 November, tertunda karena ketegangan politik antara Turki dan Italia karena Öcalan Affairs.[10][11][12][13]
^Real Madrid diperintahkan untuk memainkan satu pertandingan jauh dari kandang biasanya karena masalah penonton pada pertandingan kandang terakhir mereka dalam kompetisi UEFA melawan Borussia Dortmund di leg pertama semifinal Liga Champions 1997–1998.[14]
