Setelah berbagai insiden dan kecelakaan menimpa maskapai-maskapai penerbangan di Indonesia, pemerintah Indonesia membuat pemeringkatan atas maskapai-maskapai tersebut. Dari hasil pemeringkatan yang diumumkan pada 22 Maret 2007, Batavia Air berada di peringkat III yang berarti hanya memenuhi syarat minimal keselamatan dan masih ada beberapa persyaratan yang belum dilaksanakan dan berpotensi mengurangi tingkat keselamatan penerbangan. Akibatnya Batavia Air mendapat sanksi administratif yang akan di-review kembali setiap 3 bulan. Bila tidak ada perbaikan kinerja, maka Izin Operasi Penerbangan (Air Operator Certificate) dapat dibekukan sewaktu-waktu.[2] Namun, Batavia dengan cepat memperbaiki diri dan akhirnya mendapat penilaian kategori 1 dari Kementerian Perhubungan terhitung tahun 2009 lalu.[3] Maskapai ini pun termasuk di antara 4 maskapai Indonesia yang diperbolehkan terbang ke Uni Eropa sejak Juni 2010.
Pada tanggal 31 Januari2013, Batavia Air berhenti beroperasi karena dinyatakan pailit oleh Pengadilan Niaga Jakarta Pusat.
Batavia Air Boeing 737 mengudara dari Adi Sutjipto
Airbus A320
Airbus A330-200
Boeing 737-200
Airbus A319
Boeing 737
Boeing 737-200
Fokker F28
Insiden dan kecelakaan
21 November2007 - Serpihan sayap sebesar 40 cm x 50 cm dari Boeing 737-400 Batavia Air (BTV 207 jurusan Jakarta-Pontianak) lepas ketika lepas landas dari Jakarta. Pesawat kemudian mendarat darurat.
27 Februari2009 - Pesawat Boeing 737-300 jurusan Jakarta-Pontianak mengalami kerusakan alat navigasi dan nyaris mendarat di Ketapang.[4]
30 Maret2009 - Pesawat Boeing 737-300 jurusan Jakarta-Surabaya-Mataram mengalami kerusakan mesin dan mendarat di Semarang.[4]
13 Februari2010 - Pesawat Boeing 737-200 jurusan Surabaya-Makassar-Gorontalo mengalami kerusakan ban belakang sebelah kiri pecah saat pesawat hendak melintas dari runway 10 menuju runway 28.
25 Februari2010 - Pesawat Boeing 737-300 jurusan Berau-Balikpapan mengalami kerusakan ban yang tipis.
16 Februari2010 - Pesawat Boeing 737-300 jurusan Malang-Jakarta mengalami kerusakan kaca depan yang retak saat melepas landas.
15 Juli2010 - Pesawat Airbus A320 jurusan Pekanbaru - Jakarta mendarat darurat di Pekanbaru karena kerusakan sistem keseimbangan pesawat.[5] Tidak ada korban jiwa.
Pengadilan Niaga Jakarta Pusat dalam surat putusan No.77/pailit/2012/PN.NIAGA.JKT.PST pada tanggal 30 Januari2013 mempailitkan Batavia Air. Hal ini berdampak pada berhentinya operasi terbang sejak 31 Januari 2013 Pukul 00.00. Pailit dikarenakan adanya permohonan yang di ajukan oleh perusahaan sewa guna pesawat International Lease Finance Corporation (ILFC).[12]
