Pada abad ke-15, Masjid Aqsunqur dilaporkan dalam kondisi yang memprihatinkan karena hilangnya dana wakaf dari Suriah. Karena keterbatasan dana, Masjid Aqsunqur hanya digunakan untuk salat Jumat dan hari besar Islam saja. Antara 1652 dan 1654, Amir Ibrahim Agha al-Mustahfizan memulai proyek renovasi besar-besaran untuk Masjid Aqsunqur. Ia membantu memulihkan atap dan arkadenya. Dia juga menambahkan kolom untuk mendukung tempat salat di bagian serambi selatan masjid berupa aula.[1]
