IRX1
Identifikatori
Aliasi	IRX1
Vanjski ID-jevi	OMIM: 606197 MGI: 1197515 HomoloGene: 19065 GeneCards: IRX1
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 5 (čovjek)[1] Bend 5p15.33 Početak 3,595,832 bp[1] Kraj 3,601,403 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 13 (miš)[2] Bend 13 C1|13 38.43 cM Početak 72,106,040 bp[2] Kraj 72,111,842 bp[2]
Ontologija gena Molekularna funkcija • vezivanje sa DNK • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • sequence-specific DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific Ćelijska komponenta • jedro Biološki proces • specification of loop of Henle identity • metanephros development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • proximal/distal pattern formation involved in metanephric nephron development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	79192	16371
Ensembl	ENSG00000170549	ENSMUSG00000060969
UniProt	P78414	P81068
RefSeq (mRNK)	NM_024337	NM_010573
RefSeq (bjelančevina)	NP_077313	NP_034703
Lokacija (UCSC)	Chr 5: 3.6 – 3.6 Mb	Chr 13: 72.11 – 72.11 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Irokezna klasa homeodomenskog proteina IRX-1, znana i kao irokezni homeoboksni protein 1, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom IRX1 sa hromosoma 5.^[5][6] Svi članovi irokezne proteinske porodice (IRO) imaju po dva visoko konzervirana obilježja, koja kodiraju homeodomen i karakteristični IRO motiv sekvence.^[7] Poznato je da imaju brojne uloge u ranom uzorkovanju embriona.^[5] Pokazalo se da IRX1 djeluje i kao gen supresije tumora in u nekoliko oblika kancera.^{[8][9][10][11]}

Dužina polipeptidnog lanca je 480 aminokiselina, а molekulska težina 49.621 Da.^[12]

IRX1 se nalazi na prednjem lancu DNK hromosoma 5, između parova baza 3,596.054 i 3,601.403, na lokaciji 5p15.3.^[5] Ljudski genski proizvod dug je 1.858 baznih parova iRNK sa 4 predviđena egzona kod ljudi.^[13] Analiza promotora je priređena je pomoću programa El Dorado putem stranice softvera Genomatix.^[14] Predviđena regija promotora obuhvata 1.040 parova bazaod položaja 3,595.468 do 3,595.468 bp na prednjoj niti hromosoma 5.

IRX1 je relativno izoliran, bez drugih gena koji kodiraju proteine s položaja 3,177.835 – 50,70.004.^[5]

Zreli protein IRX1 ima 480 aminokiselinskih ostataka, sa molekulskom masom od 49.600 Da i izoelektičnom tačkom od 5,7. Pretraživanje BLAST-a otkrilo je da IRX1 sadrži dva visoko konzervirana domena: homeodomen i karakteristični IRO motiv nepoznate funkcije^[15] Homeodomen pripada TALE klasi (tri aminokiselinske ekstenzije) klase homeodomena koju karakterizira dodavanje tri dodatne aminokiseline između prve i druge spirale u tri alfa-heliksa koji čine domen.^[16] Prisustvo ovog dobro karakteriziranog homeodomana snažno sugerira da IRX1 djeluje kao transkripcijski faktor. Ovo je dodatno potkrijepljeno predviđenom lokalizacijom IRX1 u jedru.^[17] IRO motiv je regija nizvodno od homeodomena koji se nalazi samo u pripadnicima proteina homeodomenske klase Irokez, iako je njegova funkcija slabo shvaćena. Međutim, njegova sličnost s unutrašnjom regijom receptora zareznog proteina sugerira da može biti uključen u interakcije protein-protein.^[7] Osim ova dva karakteristična domena, IRX1 sadrži treći domen iz HARE-HTH potporodice^[18] spojen sa C-terminalnim krajen homeodomena.^[19] Ovaj domen dobija krilati heliks-obrt-heliksni preklop za koji se predviđa da veže DNK i smatra se da ima ulogu u regrutiranju efektorskih aktivnosti na DNK. Predviđa se nekoliko oblika posttranslacijskih modifikacija, uključujući SUMOilaciju, C-manozilaciju i fosforilaciju, koristeći bioinformatičkwe alate iz baze ExPASy^[20] Bioinformatička analiza IRX1 pomoću alata NetPhos predvidjela je 71 potencijalno mjesto fosforilacija u cijelom proteinu.^[21]

Podaci iz mikročipova i RNK seq ukazuju na to da se IRX1 sveprisutno eksprimira na niskim razinama u tkivima odraslih, a najveći relativni nivo ekspresije javlja se u tkivima srca, masnog tkiva, bubrega i dojke .^[22][23] Umjerene do visoke razine također su izražene u plućima, prostati i želucu.^[23][24] Analiza promotora El Dorado programom iz Genomatixa predvidjela je da je ekspresija IRX1 regulirana faktorima koji uključuju E2F regulatore ćelijskog ciklusa, NRF1 i ZF5,^[25] i brahiuriju.^[14] Podaci o ekspresiji u mozgu ljudi, miša i miša u razvoju dostupni su putem Allen Brain Atlasa.^[26]

Potencijalni partneri u interakciji s proteinima za IRX1 pronađeni su pomoću računarskih alata. U bazi podataka STRING navedeno je devet navodno interaktivnih partnera podržanih dokazima rudarenjem teksta, iako pažljivija analiza rezultata pokazuje slabu podršku za većinu ovih predviđenih interakcija.^[27] Međutim, moguće je da je jedan od ovih proteina, CDKN1A, uključen u predviđenu regulaciju IRX1, pomoću regulatora ćelijskog ciklusa E2F.^[14][27]

IRX1 ima visok stupanj konzerviranosti kod vrsta kičmenjaka i beskičmenjaka. Cjelokupni protein je potpunije konzeviran kod kičmenjaka, dok su samo homeodomena i IRO motiv konzervirani u udaljenijim homolozima.

Homologija sekvence pronađena je u vrstama koje su u srodnoj vezi sa ljudima, kao i svinjskom glistom Ascaris suum, iz porodice Ascarididae, koristeći BLAST i ALIGN alat preko San Diego Super Computer Computer Biology Workbench-a.^[15] U nastavku je tabela koja opisuje evolucijsko konzerviranje IRX1.

Kod ljudi, IRX1 je jedan od šest članova proteina homeodomenske klase Irokez: IRX2, IRX3, IRX4 , IRX5 i IRX6. IRX1, IRX2 i IRX4 nalaze se na hromosomu 5, a njihova orijentacija odgovara onoj kod IRX3, IRX5 i IRX6 nađenih na ljudskom hromosomu 16.

Ovaj članak uključuje tekst iz Nacionalne medicinske biblioteke Sjedinjenih Država, koji je u javnom vlasništvu.