Durant el domini otomà a Palestina (s. XVI-XIX), Ein Siniya era situada al xeïcat de Bani Zeid, al sanjak de Jerusalem. En 1556 era la vila més petita del xeïcat, amb només deu llars.[11] S'hi ha trobat terrissa dels primers anys del domini otomà.[12] En els registres fiscals de 1596, Ein Siniya era part de la nàhiya o subdistricte de Jerusalem, que estava sota administració del sanjak de Jerusalem. La vila tenia 12 llars, totes musulmanes, tots els musulmans i pagava impostos sobre blat, ordi, olives, vinyes, fruiters, ingressos ocasionals, ruscs i/o cabres.[13]
Abans de la revolta camperola de 1834, Ein Siniya pertanyia a la tribu Bani Murrah. Després de la revolta, els xeics eren nomenats per Ibrahim Paixà d'Egipte.[14] En 1838 l'erudit bíblib Edward Robinson va trobar que la vila estava envoltada de vinyes i fruiters. També hi havia jardins d'hortalisses, regats d'un pou d'aigua.[15] També es va assenyalar com a poble musulmà, situat a la regió de Beni Murrah, al nord de Jerusalem.[16]
En 1870 l'explorador francès Victor Guérin va visitar la vila, que li va calcular uns 200 habitants.[17]Socin es va trobar una llista oficial de pobles otomans d'aproximadament el mateix any (1870) en que Ein Siniya tenia 57 cases i una població de 218, tot i que el recompte de població només incloïa homes.[18][19]
En 1882 el Survey of Western Palestine del Fons per a l'Exploració de Palestina va descriure Ain Sinia com un petit poble, però d'"indubtable antiguitat".[10] A principis del segle xx, Ain Sinya va ser «pràcticament» propietat d'un ric àrab natiu de Jerusalem que va influenciar a les autoritats per construir un carruatge prop d'Ein Siniya per beneficiar la vila.[1] En 1907 la població era tota musulmana.[1] Al mateix temps, es va observar que a Ein Siniya, a diferència d'altres pobles àrabs a la zona, hi creixien moreres i nogueres en abundància en comptes d'oliveres o figueres.[1]
En 1896 la població d' Ain Sinja era estimada en unes 237 persones.[20]
En 1945 Ein Siniya tenia 330 habitants; 310 musulmans i 20 cristians,[23] mentre que l'àrea total de terra era de 2,724 dúnams, la majoria propietat d'àrabs. El sòl edificat cobria de 21 dúnams,[24] mentre que 2,404 dúnams eren dedicats a cultius:[25] 1,856 en plantacions i regadius i 548 per a cereals.[26]
Amiry, S., Nazmi Al-Jubeh, Andrea Bräuning, Jürgen Frick: Das „Museum of Memory” in Ain Sinya. Beispiel für die Denkmalpflege in Palästina. In: Denkmalpflege in Baden-Württemberg, 32 (2003), vol. 4, pp. 345–353 (PDFArxivat 2014-02-22 a Wayback Machine.)