La comuna rep el seu nom a partir del llac, del mapudungunllanquyn-we, «lloc on capbussar-se a l'aigua».[2][3][4]
La ciutat compta amb un complex sistema hídric, compost per una vora lacustre, el naixement del riu Maullín i un sistema d'aiguamolls urbans d'aigua dolça.[5][6] Antigament el Riu Maullín desembocava per molts braços i hi havia un sistema d'aiguamolls. De fet, Llanquihue era un gran aiguamoll que es va anar emplenant per donar pas a urbanitzacions. Els pocs aiguamolls urbans que encara existeixen a la ciutat es troben greument deteriorats i amenaçats.
Pobles i localitats de la comuna
Entre els poblats que pertanyen a la jurisdicció de la comuna figuren:
Los Pellines: accessible des de Ruta 5 a 7 km al Nord de Llanquihue
Loncotoro: sector rural situat a 18 km al ponent de Llanquihue. El seu accés és a través de la Ruta V 40.
Colegual: situat a 39 km al ponent de Llanquihue. S'hi accedeix a través de la Ruta V 370
Totoral: Emplaçat a 5 km al nord de Llanquihue. S'hi accedeix per la Ruta 5 o Ruta V 155 (Ruta Inter Lagos)
Colonia Los Indios: a 15 km al ponent Llanquihue per la Ruta V 40.