Er befasst sich mit RNA-Splicing und dessen Rolle bei Tumoren und Erbkrankheiten. Beispielsweise ist ein Defekt in der posttranskriptionellen Bearbeitung der RNA mit mRNA-Splicing verantwortlich für Spinale Muskelatrophie (SMA), bei der Genexpression für das Gen SMN2. Krainer fand mit seinem Labor eine Therapie über Antisense-Oligonukleotide. Die klinischen Tests mit dem Medikament Nusinersen (Spinraza) führten Ende 2016 zur Zulassung durch die FDA in den USA und es wurde auch in der EU zugelassen. Dabei wird das Medikament in die Rückenmarksflüssigkeit injiziert. Sein Labor arbeitet an ähnlichen Medikamenten bei weiteren durch Fehler im RNA-Splicing verursachten Erbkrankheiten (Familiäre Dysautonomie). Außerdem arbeitet es an Methoden für die Stabilisierung von mRNA bei Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) und an der Erforschung von deren Ursachen. In der Krebsforschung identifizierte es die Rolle des Splicing-Faktors SRFS1 als Onkogen bei Brustkrebs, wo eine anomal starke Genexpression dieses Faktors stattfindet.
R. Sinha, Y. J. Kim, T. Nomakuchi, K. Sahashi, Y. Hua, F. Rigo,C. F. Bennett, A. R. Krainer: Antisense oligonucleotides correct the familial dysautonomia splicing defect in IKBKAP transgenic mice. Nucleic Acids Res, 46(10), 2016, S. 4833–4844.
I. Aznarez, T. T. Nomakuchi, J. Tetenbaum-Novatt, M. A. Rahman,O. Fregoso, H. Rees, A. R. Krainer: Mechanism of Nonsense-Mediated mRNA Decay Stimulation by Splicing Factor SRSF1. Cell Reports, 23(7), 2018, S. 2186–2198.
K. T. Lin, W. K. Ma, J. Scharner, Y. R. Liu, A. R. Krainer: A human-specific switch of alternatively spliced AFMID isoforms contributes to TP53 mutations and tumor recurrence in hepatocellular carcinoma. Genome Res, 2018
T. T. Nomakuchi, F. Rigo, I. Aznarez, A. R. Krainer: Antisense oligonucleotide-directed inhibition of nonsense-mediated mRNA decay. Nat Biotechnol, 34(2), 2016, S. 164–166.
O. Anczukow, M. Akerman, A. Clery, J. Wu, C. Shen, N. H. Shirole, A. Raimer, S. Sun, M. a. Jensen, Y. Hua, F. H. Allain, A. R. Krainer: SRSF1-Regulated Alternative Splicing in Breast Cancer. Mol Cell, 60(1), 2015, S. 105–17.
Y. Hua, Y. H. Liu, K. Sahashi, F. Rigo, C. F. Bennett, A. R. Krainer: Motor neuron cell-nonautonomous rescue of spinal muscular atrophy phenotypes in mild and severe transgenic mouse models. Genes Dev, 29(3), 2015, S. 288–297.