Das rund 287,98 ha große Gebiet mit der Kennnummer 1180 wurde mit Verordnung vom 12. Februar 1998 unter Naturschutz gestellt.[1] Zuständig ist das Landesumweltamt Brandenburg (Abteilung Ökologie, Naturschutz, Wasser).
Die Verordnung über das Naturschutzgebiet beinhaltet als Schutzzweck unter anderem:
„[…] als Standort seltener, in ihrem Bestand bedrohter, ökologisch bedeutsamer Pflanzengesellschaften, insbesondere der Feuchtwiesengesellschaften mit eingelagerten Röhrichten, Weidengebüschen und Niederungswäldern, des Fließgewässersystems mit den gut ausgebildeten Uferpflanzen- und Tauchblattgesellschaften, der die Niederungen besiedelnden Erlenbrüche und der das Landschaftsbild prägenden Feldgehölze, Kopfweiden und Alleen […] zur Erhaltung von Lebensstätten bestandsbedrohter wildlebender Tierarten, insbesondere der an reich strukturierte Offenlandschaften mit hohem Grünlandanteil sowie an Fließgewässer und Bruchwaldbereiche gebundenen Arten […] aus ökologischen Gründen zum Erhalt der abwechslungsreichen Kulturlandschaft der Flutgrabenaue durch die unterschiedlichen, vorrangig extensiv betriebenen Landnutzungsformen sowie zum Erhalt eines durch zunehmenden Besiedlungsdruck gefährdeten naturnahen Lebensraumes in unmittelbarer Nachbarschaft zum Ballungsraum Berlin […] wegen der besonderen Eigenart und Schönheit des Gebietes als eine weitestgehend unverbaute typische märkische Niederungslandschaft.“
– Verordnung über das Naturschutzgebiet „Flutgrabenaue Waltersdorf“ vom 12. Februar 1998[1]