Joe Shaughnessy kam im Jahr 2009 aus seiner irischen Heimat zum FC Aberdeen nach Schottland. Für das als die Dons bekannte Team debütierte er am vorletzten Spieltag der Saison 2010/11 gegen Hibernian Edinburgh.[1] Von September 2011 bis Mai 2012 wurde er zusammen mit Nicky Low an Forfar Athletic verliehen.[2] Ab der Spielzeit 2011/12 war er wieder bei Aberdeen aktiv und wurde dort für den Monat Dezember 2012 als Jungprofis des Monats ausgezeichnet.[3] Im selben Monat verlängerte Shaughnessy seinen Vertrag beim FCA um drei weitere Jahre.[4]
↑Under 21 Player Profiles 2013-15. Football Association of Ireland, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 15. November 2012; abgerufen am 13. Februar 2014.Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.fai.ie