Nach dem Studiumsabschluss war Heusser-Markun zunächst als freie Journalistin unter anderem für die Frankfurter Allgemeine Zeitung, den Tages-Anzeiger sowie die Neue Zürcher Zeitung tätig, bevor sie 1980 in die Redaktion der letzteren eintrat. Bis zu ihrem Ausscheiden 2006 profilierte sie sich mit markanten Artikeln aus dem weitgefächerten gesellschaftspolitischen Bereich. Sie war unter anderem verantwortlich für die Wochenendbeilage "Zeitfragen". Ihr Themenspektrum reichte vom Wertewandel, gesellschaftlichen Verhaltensformen, Migration und Sozialpsychologie über medizinische Fragen bis hin zu Minderheiten- und Frauenthemen, gesellschaftlichen Problemen wie Suizid, Sterbehilfe und Drogenabhängigkeit sowie der sozialen Situation von Kindern und Jugendlichen. Ein besonderer Schwerpunkt ihrer Arbeit lag bei der Beobachtung der Verhältnisse in der Sowjetunion vor und nach dem Zerfall. In diesem Bereich erschienen zahlreiche Reportagen und Analysen.
Im Jahr 1996 organisierte sie in Zusammenarbeit mit der Eidgenössischen Kommission gegen Rassismus die Tagung «Sprache und Rassismus», die sich speziell an Medienschaffende richtete.
«Ihre vielfältigen Artikel über ethnische und religiöse Minderheiten oder Randgruppen in unserer Gesellschaft zeugen von einer ausgesprochen feinen Sensibilität, mit der sie die inhaltlich fundierten Recherchen sprachlich gewandt umzusetzen weiss.»
Sie sind wieder da, die Russen. In: Bellevue Zürich. Verlag NZZ, Zürich 2005, ISBN 3-03823-173-8.
68 weiblich – von der Euphorie zur Ernüchterung. In: 1968 Zürich steht Kopf. Verlag Scheidegger & Spiess, Zürich 2008, ISBN 978-3-85881-220-9.
Blick in eine Schweiz der vielen Kulturen. In: Nachdenken über die Schweiz. Verlag NZZ, Zürich 1991, ISBN 3-85823-317-X.
Schule der gesellschaftlichen Erneuerung. In: Die Schweiz und Zürich – Zürich und die Schweiz. Verlag NZZ, Zürich 2001, ISBN 3-85823-895-3, S. 35ff.
Überschätzt? Der Beitrag der Intelligenzija zur Auflösung der UdSSR. In: Martin Malek, Anna Schor-Tschudnowskaja (Hrsg.): Der Zerfall der Sowjetunion, Ursachen – Begleiterscheinungen – Hintergründe. Verlag Nomos, Baden-Baden 2013, ISBN 978-3-8329-6320-0.
