El 27 de noviembre de 1980 ingresó a El Colegio Nacional con el discurso Un fantasma en el siglo XX, que recibió respuesta del doctor Jesús Kumate.[5] Fue acreedor de la beca Guggenheim durante 1985 y 1986. El 13 de noviembre de 1986 fue elegido miembro de la Academia Mexicana de la Lengua, tomó posesión el 23 de abril de 1987 y ocupó la silla VIII, además de lo cual fue secretario de la Comisión de Consultas y director adjunto desde el 2001.[6] El 25 de octubre del 2007[7] la Academia efectuó una ceremonia en el centro de cultura Casa Lamm para rendir homenaje a sus miembros octagenarios: Guido Gómez de Silva, Margit Frenk, Ernesto de la Peña y el propio Ruy Pérez Tamayo.[8]
Fue miembro de diversas agrupaciones y sociedades científicas, entre las que sobresalen:
el comité editorial de ciencia y tecnología del Fondo de Cultura Económica, editorial que ha publicado muchas de sus obras y que creó incluso un premio en su honor.[11]
En su honor, se nombró Premio Nacional Juvenil de Ciencia y Tecnología “Ruy Pérez Tamayo”, al certamen realizado por el Instituto Nacional de la Juventud (INJUVE) en 1996.
Publicaciones
Publicó más de 150 artículos científicos en revistas nacionales y extranjeras; escribió 64 libros, 18 de ellos acerca de temas científicos y 46 de divulgación o de ensayos históricos, por ejemplo:
Histoquímica de la necrosis fibrinoide, en 1956.
Lesiones renales consecutivas a la derivación ureteral, en 1957.
Malignant peritoneal mesothelioma, en 1961.
La etiología del cáncer, en 1974.
Aterosclerosis, en 1975.
Enfermedad veno-oclusiva del hígado, en 1981.
"Anatomía patológica", en Pasado, presente y futuro de la investigación biomédica en México, en 1982.
"La Revolución francesa y América Latina hoy", en Libertad, Igualdad y Fraternidad 1789-1989, en 1989.
El concepto de enfermedad: su evolución a través de la historia, en 1988.
Principios de patología, en 1990.
Ciencia, paciencia y conciencia, en 1991.
El viejo alquimista, en 1974.
La profesión de Burke y Hare y otras historias, en 1996.
Avances recientes en amibiasis, en 1997.
¿Existe el método científico? Historia y realidad, Colección La ciencia para todos, Segunda edición, Fondo de Cultura Económica, México, 1998.
Microbios y enfermedades. Colección La ciencia para todos, en 2000.
Ética médica laica, en 2002.
Algunos aspectos de los problemas éticos generados por el Programa Internacional del Genoma Humano, en 2004.
Historia general de la ciencia en México en el siglo XX, en 2005.
Nada resiste la acción corrosiva del trabajo, en 2005.
Cinco experimencias académicas y dos apéndices, en 2006.
Salud y enfermedad, en 2007.
Principios de patología, en coautoría con López Corella E., en 2007.
