Il publia d’abord en revue, dès 1963. Ses œuvres sont publiées en français par les Éditions Absalon.
Auteur à ce jour d’une quinzaine de récits, de pièces radiophoniques et d’une pièce de théâtre, il est l’une des voix majeures de la littérature contemporaine de son pays, où son goût de l’invective et de l’imprécation lui vaut d’être considéré comme l’héritier de Thomas Bernhard. Instrument d’investigation d’une mémoire à la fois collective et personnelle, son écriture fragmentaire, parfois proche du collage, est un miroir tendu à la société actuelle, à l’Autriche, microcosme concentrant les errements de la ‘modernité’. Dans la lignée de polémistes viennois comme Karl Kraus, c’est tout autant à la critique du langage qu’à celle de la société que se livrent ses récits.
Werner Kofler a obtenu nombre de distinctions littéraires, dont la bourse Elias-Canetti et le prix Arno Schmidt et en 2001 le prix Peter Rosegger. Parmi les œuvres majeures de Kofler, citons son « triptyque alpestre » composé de Am Schreibtisch (Derrière mon bureau) (1988), Hotel Mordschein (Hôtel Clair de crime) (1989) et Der Hirt auf dem Felsen (Le Pâtre sur le rocher) (1991).
Derrière mon bureau, Nancy, Éditions Absalon, (Am Schreibtisch, traduit par Bernard Banoun).
Caf'conc' Treblinka, Nancy, Éditions Absalon, (Tanzcafé Treblinka, traduit par Bernard Banoun).
Hôtel Clair de Crime, Nancy, Éditions Absalon, (Hotel Mordschein, traduit par Bernard Banoun).
Trop tard, suivi de Tiefland.Obsession (sur un film de Leni Riefenstahl) et de Le plus autorisé, texte d'Elfriede Jelinek en hommage à Werner Kofler, traduction Bernard Banoun, Nancy, Éditions Absalon, 2013.
Tiefland, Obsession, traduction et présentation Bernard Banoun, in : Une ou des littérature-s romani, coordonné par Cécile Kovácsházy, Études tsiganes 43, p. 166-175.