La dodicesima edizione della Coppa Italia di Serie B si è svolta tra il 29 settembre 2009 e il 2 aprile 2010.
Le 79 società iscritte al campionato di serie B sono state divise secondo il criterio di viciniorità[1] in 15 triangolari e 17 accoppiamenti. Le società coinvolte nei triangolari si affrontano reciprocamente tra loro in un unico incontro e si qualifica al turno successivo la squadra prima classificata. Negli accoppiamenti le società si affrontano in incontri a eliminazione diretta articolate in andata e ritorno, al termine delle quali si qualifica al turno successivo la squadra vincente il doppio confronto. I sedicesimi e gli ottavi di finale sono articolati allo stesso modo degli accoppiamenti. La fase finale è articolata come final eight giocata in una sede unica. In questa fase il meccanismo di passaggio del turno prevede incontri a eliminazione diretta al termine dei quali, qualora sussistesse la condizione di parità, si disputeranno due tempi supplementari, ed eventualmente i tiri di rigore per determinare la vincitrice[2].
La fase finale si è svolta dal 31 marzo al 2 aprile 2010 al PalaCesaroni di Genzano. Il sorteggio non prevedeva teste di serie, pertanto le otto finaliste sono state inserite in un'unica urna. In seguito all'esclusione e alla radiazione dalle competizioni FIGC del Povoli Team, la formazione di Riva del Garda è stata sostituita dal Futsal Carmenta[9], eliminato proprio dai trentini negli ottavi di finale.
^A tavolino. L'incontro era stato sospeso dall'arbitro al 17' del primo tempo in
quanto la Società Teleco Cagliari, presentatasi all'incontro con soli 3 giocatori, rimaneva a seguito di infortunio con soli due elementi ed impossibilitata quindi a proseguire il gioco per carenza legale minima del numero di calciatori.