A partire dalla fine del II millennio, il territorio diocesano, che si estende su 5.384 km², ha subito una completa riorganizzazione. Il numero delle parrocchie, che era ancora di 309 nel 2006, era di 26 nel 2020[1], raggruppate in 5 decanati.
Storia
Incerto è stabilire l'origine del cristianesimo nell'agennais. Nei più antichi documenti liturgici della diocesi san Marziale (I o III secolo), chiamato "nostro padre" o "nostro apostolo", è da considerarsi come il vero fondatore della comunità cristiana di Agen. Alla fine del III secolo si conoscono numerosi martiri nel territorio, tra cui san Caprasio, san Vincenzo, santa Fede, sant'Alberto, san Primo.
Primo vescovo storicamente documentato è Febadio, che nel 357 scrisse un'opera contro gli ariani e nel 359 prese parte al concilio di Rimini. Secondo la Notitia Galliarum, i vescovi di Agen occupavano il secondo posto, dopo il metropolita di Bordeaux, nell'ordine gerarchico della provincia ecclesiastica: ciò dava loro il diritto di amministrare la sede di Bordeaux in regime di sede vacante; ancora nel 1479 avevano il titolo di "vicari della Provincia".
Un periodo di grave decadenza, causata dall'espansione del ducato di Guascogna, dai conflitti tra franchi e aquitani e dalle invasioni normanne, provocarono il declino della diocesi, la cui esistenza tra VII e X secolo è incerta. Per più di un secolo, dall'864 al 982, insieme con le diocesi vicine, fu retta da un vescovo di Guascogna.
A partire dal vescovo Gombaud, la diocesi poté rinascere, divenendo sede di numerose istituzioni monastiche e abbaziali. I benedettini possedevano le abbazie di Clairac, di Eysses e di Saint-Maurin; i cistercensi quelle di Gondon e di Pérignac; dal XII secolo arrivarono gli ordini mendicanti che fondarono monasteri su tutto il territorio diocesano. Le più antiche abbazie femminili erano quelle di Fongrave e di Paravis, fondate rispettivamente nel 1087 e nel 1130.
Con Arnaud II de Beauville (ca. 1020 - 1049), i vescovi di Agen acquisirono poteri comitali, grazie a privilegi, immunità e diritti concessi dai duchi di Aquitania.[4] Nel 1789 i vescovi avevano perso ogni loro potere temporale, pur mantenendo ancora il titolo, puramente onorifico, di "conti di Agen".
Nel XII secolo fu edificata la cattedrale di San Caprasio sul luogo di un'antica basilica costruita nel VI secolo e saccheggiata dai Normanni nell'853.
Il 13 agosto 1317 cedette la porzione del suo territorio sulla riva sinistra della Garonna a vantaggio dell'erezione della diocesi di Condom.
Prima della rivoluzione francese, la diocesi comprendeva 384 parrocchie e 181 chiese annesse ed era suddivisa in 12 arcipreture: Le Siège, Ferrussac, Villeneuve, Tournon, Fumel, Villeréal, Monclar, Lauzun, Sainte-Foy, Marmande, Tonneins e Montpezat.[5]
Il 6 ottobre 1822 l'arcidiocesi di Auch fu ristabilita con la bolla Paternae charitatis dello stesso papa Pio VII, ricavandone il territorio dalla diocesi di Agen, che tornò a far parte della provincia ecclesiastica dell'arcidiocesi di Bordeaux. Contestualmente cedette tre cantoni per la costituzione della diocesi di Montauban.
Cronotassi dei vescovi
Si omettono i periodi di sede vacante non superiori ai 2 anni o non storicamente accertati.
^Durengues, Pouillé historique du diocèse d'Agen pour l'année 1789, Agen 1894.
^Alcuni cronotassi inseriscono, dopo san Vincenzo, Ausibio, escluso tuttavia dalla stessa Gallia christiana e da Gams.
^Secondo Duchesne e Gams è il primo vescovo certo di Agen.
^Dopo Dulcidio, alcune cronotassi tradizionali inseriscono il vescovo Lupo, escluso da Gallia christiana e da Gams. Barrère, pur riconoscendo che non ci sono prove dell'episcopato di Lupo, ritiene che se ne può presumere l'esistenza («Nous croyons pouvoir l'établir sur de fortes présomptions», op. cit., I, p. 120).
^Riportato da Gallia christiana ma senza prove documentarie. Escluso da Duchesne.
^Flavardo e Asodoaldo sono assenti in Gallia christiana.
^Prima e dopo Siboaldo, alcune cronotassi (cfr. Barrère, op. cit., I, pp. 150 e 191) inseriscono Sebastiano, menzionato nel 642, e Concordio, menzionato nell'850 circa. Entrambi i vescovi sono esclusi da Gallia christiana, Gams e Duchesne, secondo il quale dopo Siboaldo non sono più noti vescovi fino a Gombaud.
^Menzionato da Gallia christiana senza indicazioni cronologiche precise; Barrère gli assegna l'anno 982 (cfr. op. cit., I, pp. 203-204).
^Sanche e Simon sono menzionati da Gallia christiana; Gams riconosce solo Simon, che avrebbe assistito alla consacrazione della cattedrale di Bordeaux nel 1026. In realtà, questo avvenimento fu celebrato nel 1096 (cfr. Barrère, op. cit., I, p. 220), all'epoca dunque di Simon II. Inoltre, Barrère menziona altri tre vescovi riportati da antichi cataloghi, ma senza alcuna prova documentaria: Arénat, Gausbert e Aldebert (pp. 220-221). Gallia christiana ammette Gausbert, ma nel XII secolo.
^Tra Bernard I e Guillaume I, alcuni autori inseriscono i vescovi Osius e Regino, esclusi da Gallia christiana, Barrère (I, p. 258) e Gams.
^Barrère (op. cit., I, p. 279) mette in dubbio l'esistenza di Arnaud III, in quanto sarebbe stato un visconte e non un vescovo. Lo stesso Gams lo segnala con un punto interrogativo.
^Così Gams. Gallia christiana inserisce Elie I dopo Donald.
^Dal 19 agosto 2023 al 1º settembre 2024, giorno della presa di possesso di Alexandre de Bucy, fu amministratore apostolico Pierre-Marie Carré, arcivescovo emerito di Montpellier.