La Liga del Fútbol Profesional Boliviano 2006 è stata la 30ª edizione della massima serie calcistica della Bolivia, ed è stata vinta dal Bolívar nel torneo di Clausura e dal Blooming nel Segundo Torneo.
Formula
Il primo campionato disputato fu il Clausura, che, sebbene fosse stato inizialmente creato quale completamento del campionato 2005, è considerato parte della stagione 2006 e non di quella 2005. Fu poi istituito, nella seconda parte dell'anno, il Segundo Torneo, così che a partire dal 2007 riprendesse l'originaria alternanza Apertura-Clausura.