Pada 1978, Merpati diarahkan untuk bergabung dengan Garuda, menjadikannya anak syarikat Garuda.Namun begitu,mereka masih mengekalkan nama Merpati.Ianya telah diserap ke dalam Kumpulan Garuda Indonesia pada September1989,dan mereka memperolehi kebenaran untuk berpisah daripada Garuda pada 1993.Namun begitu,ianya mula mengambil tempat pada April1997.Merpati dimiliki oleh Kerajaan Indonesia (93.2%) dan Garuda Indonesia (6.8%).Oleh kerana kelemahan serius dalam keselamatan pesawat,Merpati Nusantara dan juga syarikat penerbangan Indonesia yang lain telah tersenarai didalam Senarai Syarikat Penerbangan yang dilarang beroperasi di Kesatuan Eropah (List of Air Carriers Banned in European Union),menyebabkan kesemua pesawat berpendaftaran Indonesia dilarang beroperasi atau mendarat di mana-mana Lapangan Terbang di negara-negara Kesatuan Eropah.Hanya Airfast Indonesia, Garuda Indonesia, Mandala Airlines dan Premi Air sahaja yang dikeluarkan dari senarai tersebut.
