Thoma won in het seizoen 1989-1990 de Vierschansentoernooi mede door een overwinning in Obersdorf. In datzelfde jaar werd Thoma wereldkampioen skivliegen. Thoma nam in totaal viermaal deel aan de Olympische Winterspelen. Zijn grootste op de spelen behaalde Thoma in 1994 door de gouden medaille te winnen in de landenwedstrijd en de bronzen medaille op de kleine schans. Vier jaar later in Nagano veroverde Thoma de zilveren medaille in de landenwedstrijd. In 1999 behaalde Thoma zijn tweede wereldtitel ditmaal in de landenwedstrijd. Thoma won in totaal twaalf wereldbekerwedstrijden waarvan driemaal de wedstrijd in Oberstdorf en eenmaal Bischofshofen. Thoma zijn oom Georg Thoma won in 1960 de gouden medaille bij de Noordse combinatie. Thoma is tegenwoordig werkzaam als commentator bij het schansspringen voor de ARD.