De Grote Prijs van Portugal 2006 in de MX1-klasse motorcross werd gehouden op 23 april 2006 op het circuit van Águeda. Het was de derde Grote Prijs van het wereldkampioenschap en meteen ook de derde overwinning voor Stefan Everts, de negentigste GP-zege uit zijn carrière. Hij won beide reeksen en verstevigde daarmee vanzelfsprekend zijn leiderspositie in het wereldkampioenschap.

De sterkste tegenstand kwam in de eerste reeks van de Fransman Sébastien Tortelli, die erin slaagde om Everts voorbij te steken maar even later opnieuw werd gepasseerd. Bij een ultieme poging om de leiding te veroveren in de voorlaatste ronde viel Tortelli, maar hij kon toch nog als tweede eindigen vóór de verrassende Ken De Dijcker.

In de tweede reeks was Tortelli de snelste starter, maar Everts passeerde hem al in de tweede ronde. Tortelli viel opnieuw in deze reeks en werd naar het ziekenhuis gebracht, waar een ontwricht dijbeen werd vastgesteld. Ook Steve Ramon viel vroeg in de tweede reeks uit.

In de eindstand werd Everts op het podium geflankeerd door de Spanjaard Jonathan Barragán en de Belg Kevin Strijbos.

Plaats	Naam	Land
1	Stefan Everts	BEL
2	Sébastien Tortelli	FRA
3	Ken De Dycker	BEL
4	Kevin Strijbos	BEL
5	Jonathan Barragán	ESP
6	Tanel Leok	EST
7	Steve Ramon	BEL
8	James Noble	GBR
9	Cédric Melotte	BEL
10	Stephen Sword	GBR

Plaats	Naam	Land
1	Stefan Everts	BEL
2	Jonathan Barragán	ESP
3	Kevin Strijbos	BEL
4	Tanel Leok	EST
5	Ken De Dycker	BEL
6	Manuel Priem	BEL
7	Julien Bill	SUI
8	Pascal Leuret	FRA
9	Wyatt Avis	RSA
10	Antti Pyrhönen	FIN

Plaats	Naam	Land	Punten
1	Stefan Everts	BEL	50
2	Jonathan Barragán	ESP	38
3	Kevin Strijbos	BEL	38
4	Ken De Dycker	BEL	36
5	Tanel Leok	EST	33
6	Manuel Priem	BEL	23
7	Sébastien Tortelli	FRA	22
8	Francisco García Vico	ESP	20
9	Pascal Leuret	FRA	19
10	Julien Bill	SUI	18

Plaats	Naam	Land	Punten
1	Stefan Everts	BEL	142
2	Tanel Leok	EST	115
3	Sébastien Tortelli	FRA	99
4	Kevin Strijbos	BEL	98
5	Jonathan Barragán	ESP	97
6	Ken De Dycker	BEL	97
7	Steve Ramon	BEL	83
8	Cédric Melotte	BEL	66
9	Pascal Leuret	FRA	65
10	Manuel Priem	BEL	53
11	Stephen Sword	GBR	51
12	Francisco García Vico	ESP	44
13	James Noble	GBR	42
14	Antti Pyrhönen	FIN	41
15	Julien Bill	SUI	39
16	Marvin Van Daele	BEL	30
17	Brian Jørgensen	DEN	27
18	Danny Theybers	BEL	25
19	Wyatt Avis	RSA	18
20	Gordon Crockard	IRL	16