Związana z Towarzystwem Inicjatyw Twórczych „ę” i projektem "Młodzi menedżerowie kultury" oraz członkini sieci Latających Animatorów Kultury[5], gdzie jako animatorka kultury popularyzowała sztukę fotograficzną wśród młodzieży[4]. Współpracowała z Muzeum Sztuki Nowoczesnej w Warszawie. Współtworzy Towarzystwo Krajoznawcze Krajobraz.
W 2015 roku otrzymała stypendium Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego w obszarze „Sztuki wizualne” w 2015 roku. Rok później została nagrodzona tytułem "Kulturysta Roku 2016" Radiowego Domu Kultury Radiowej Trójki[7]. W 2017 roku została członkinią rady programowej wrocławskiego TIFF Festival[8], zaś w 2018 warszawskiego Instytutu Fotografii Fort[9].
Od 2012 realizuje swój autorski projekt Wędrowny Zakład Fotograficzny. Podróżując po Polsce z aparatem cyfrowym i drukarką, tworzyła zdjęcia portretowe losowo napotkanym osobom w zamian za ich historie. Działanie to nawiązywało do wędrownych, sezonowych fotografów popularnych na przełomie XIX i XX wieku[14].
Zdjęcia te były pretekstem do osobistego a zarazem wielowymiarowego spojrzenia na badane przez Pajączkowską regiony i ich mieszkańców. Jej twórczość ma charakter interdyscyplinarny, realizuje Zakład jako projekty fotograficzne, animacyjne czy reporterskie. Zaistniał w wielu formach, m.in. strony internetowej[15] czy wystawy fotografii[16].
Swoje doświadczenia z wyjazdów Pajączkowska opublikowała również w 2019 roku jako literacki reportaż[17]. Dziennikarz kulturalny Włodzimierz Kalicki, porównując projekt Zakładu do intencji prekursora realizmu, Stendhala, ocenił:
Ludzkie doświadczenia dopiero zaplecione we wspólnotę losu opowiadają prawdę, której podważać, bo niby jest przypadkowa i jednostkowa, nie sposób. Ta prawda woła i płacze z niepoliczonych opowieści Pajączkowskiej: człowieka nie wolno wyrwać z jego miejsca na ziemi i rzucić gdzieś tam, bo jakiś paluch postukał w mapę. Bohaterowie „Wędrownego zakładu” cierpią na brak pieniędzy, brak zdrowia, brak miłości, ale ich cierpieniem największym (...) jest brak swojego miejsca na ziemi[18].
Być może jest to ostatni moment, by znaleźć w Polsce osoby, które faktycznie potrzebują zdjęć, to znaczy żyją we wsiach tak odległych od miast, są na tyle stare lub ubogie, że fotografia jest czymś, do czego nie mają na co dzień dostępu. Trafiłam do wsi, których mieszkańcy sami mówili mi: „Ta wieś się kończy”[10].
Bezpośredni i antropologiczny wymiar Zakładu zbliża jej działania do twórczości reportażysty Krzysztofa Kąkolewskiego[18] czy fotografki Zofii Rydet[20], która była dla autorki dużą inspiracją[21], chociaż sama Pajączkowska nie uważa się za fotografkę[14].
Przez 5 lat działania Wędrownego Zakładu Fotograficznego Agnieszka Pajączkowska przejechała w sumie 4,5 tys. kilometrów i odwiedziła ponad 200 miejscowości tworząc 200 portretów[19].
Nieprzezroczyste. Historie chłopskiej fotografii, Wydawnictwo Czarne, Wołowiec 2023, ISBN 978-83-8191-729-2 (Wycofane)[31]
Kontrowersje
Cały nakład książki Nieprzezroczyste. Historie chłopskiej fotografii został wycofany po zawarciu ugody między Wydawnictwem Czarne a spadkobiercami jednego z bohaterów książki. Na stronie wydawnictwa zamieszczono informację o usunięciu całego rozdziału "Jak to, co wiem, zmienia to, co widzę" z powodu "nieuprawnionego i błędnego połączenia personaliów Franciszka Kulpy, fotografa amatora i organisty, urodzonego w 1890 roku w Gniewczynie, zamieszkałego w Kosinie, a następnie w Białobrzegach, z personaliami noszącego to samo imię i nazwisko, lecz urodzonego później i niepowiązanego z nim rodzinnie komendanta Ochotniczej Straży Pożarnej w Gniewczynie, którego podwładni mieli związek z „wyłapywaniem" i mordowaniem Żydów w Gniewczynie w 1942 roku"[32]. Autorka zamieściła też przeprosiny w Gazecie Wyborczej w wydaniu z dnia 9.07.2024 roku[33].