W latach 2005–2011 zaliczany do UCI Europe Tour i oznaczony kategorią UCI – 1.HC. Natomiast od 2012 posiada najwyższą kategorię wśród szosowych wyścigów kolarskich na świecie, będąc zaliczanym do UCI World Tour.
Próby zorganizowania dużego wyścigu kolarskiego w okolicach miasta Harelbeke podejmowano od połowy lat 50. XX w., a jego premierową edycję rozegrano 3 maja 1958, pomiędzy Harelbeke i Antwerpią. Pierwszych dwanaście edycji (1958–1969) odbyło się pod nazwą Harelbeke-Antwerpia-Harelbeke. W latach 1970–2002 impreza nosiła nazwę E3 Harelbeke, która pochodziła od ówczesnego (tj. do 1985) oznaczenia europejskiej trasyE3, wiodącej z Lizbony do Sztokholmu (w tym przez Belgię, na odcinku: granica z Francją – Kortrijk – Gandawa – Antwerpia – granica z Holandią, jako autostrada E3, wybudowana w latach 1969–1972). W latach 2003–2011 przemianowano go na E3 Prijs Vlaanderen, a od 2012 ponownie jest organizowany, jako E3 Harelbeke.
Najwięcej zwycięstw odniósł w nim Tom Boonen – pięć (2004, 2005, 2006, 2007, 2012), w tym cztery z rzędu. Cztery triumfy na koncie ma Rik Van Looy (1964, 1965, 1966, 1969). Trzykrotnie wygrywali zaś: Jan Raas (1979, 1980, 1981) i Fabian Cancellara (2010, 2011, 2013). Jedynym Polakiem, który zwyciężył w E3 Harelbeke jest Michał Kwiatkowski (2016).