As vinte equipes foram divididas em quatro grupos (A, B, C e D) de cinco equipes cada. Jogaram em ida e volta, todos contra todos, dentro dos próprios grupos. Os três primeiros de cada grupo foram a segunda fase, com três grupos (E, F e G) de quatro equipes cada, que jogaram em turno e returno, todos contra todos, dentro de cada grupo. Os primeiros colocados de cada grupo e os dois melhores segundos colocados se classificaram para a terceira fase.
As demais equipes da primeira fase (4º e 5º lugares) foram para a repescagem, divididos em quatro grupos (H, I, J e K) de duas equipes cada. Jogaram em ida e volta, dentro de cada grupo, todos contra todos. Os vencedores de cada grupo, fizeram as semifinais (grupos L e M) também jogos de ida e volta. Os vencedores (grupo N) se enfrentaram em jogos de ida e volta. O vencedor foi classificado para a terceira fase. As quatro equipes da repescagem não classificadas para as semifinais (Ação, Nova Xavantina, Parecis e Primavera) foram rebaixadas para a segunda divisão de 2009.
Na terceira fase, as seis equipes foram divididas em dois grupos (O e P) de três equipes cada. Novamente disputada em partidas de ida e volta, mas contra as equipes do outro grupo. As equipes campeãs de cada grupo se classificaram para a final do campeonato, também disputada em partidas de ida e volta.
Critérios de desempate
Os critério de desempate foram aplicados na seguinte ordem:
