Nessa fase as 8 equipes são divididas em dois grupos o grupo A e o grupo B ambas possuem 4 equipes. As associações realizam jogos de ida e volta dentro de seus grupos, classificando-se para a próxima fase as 2 melhores equipes de cada grupo.
Segunda Fase
As 2 equipes classificadas jogam as partidas finais em ida e volta. As equipes campeã e vice-campeã ascenderão ao Sergipão em 2007.
Critérios de desempate
Persistindo empate em número de pontos serão aplicados os seguintes critérios na ordem que forem citados.
1. Maior número de vitórias;
2. Maior saldo de gols;
3. Maior número de gols pró;
4. Menor número de gols contra;
5. Confronto direto entre as Associações;
6. Menor número de cartões vermelho recebidos;
7. Menor número de cartões amarelo recebidos;
8. Sorteio.
Equipes Participantes
Abaixo a lista dos clubes que participaram do campeonato em 2006.
