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Os dez clubes jogam entre si, em turno e returno. As seis melhores equipes se classificam para a Segunda Fase.
Segunda fase
Os seis clubes estão em três chaves de 2 clubes cada. Jogam em ida e volta dentro dos próprios grupos. Os vencedores seguem para a fase seguinte, além de um clube por índice técnico, isto é,
dentre os perdedores o clube de melhor campanha passa adiante.
Terceira fase
As semi finais entre os quatro clubes que estão em duas chaves de dois. Jogam em ida e volta.
Os vencedores vão a final.
Final
Os finalistas jogarão partidas de ida e volta.
Rebaixamento
Os 4 clubes que não conseguirem vaga na Segunda Fase, estarão rebaixados para a 2ª Divisão, que será disputada no segundo semestre de 2009.
Pts – Pontos ganhos; J – Jogos; V - Vitórias; E - Empates; D - Derrotas; GP – Gols pró; GC – Gols contra; SG – Saldo de gols; % - Aproveitamento de pontos;
O Ipiranga desistiu do campeonato, e todos os seus jogos serão considerados derrota por 3 a 0[1].
Pts – Pontos ganhos; J – Jogos; V - Vitórias; E - Empates; D - Derrotas; GP – Gols pró; GC – Gols contra; SG – Saldo de gols; % - Aproveitamento de pontos;
As três equipes vencedoras dos confrontos e o derrotado que possuir melhor índice técnico estão classificados para as semifinais.
Classificados para as Semifinais por terem vencido seus confrontos.
Ver artigo principal: Tabela de jogos do Campeonato Tocantinense de Futebol de 2009
