Após o título da Copa do Brasil de 2005, o volante foi contratado pelo Atlético Paranaense no dia 22 de agosto de 2005.[2]
Flamengo
Em julho de 2007, foi para o Flamengo[3] e teve uma boa participação na ascensão do time no Campeonato Brasileiro daquele ano, que saiu da zona de rebaixamento e se classificou para a Copa Libertadores da América.[4] Já em 2008, apesar de ter continuado no elenco flamenguista, Cristian esteve na reserva durante muitas partidas.
Corinthians
Contratado pelo Corinthians em setembro de 2008,[5] atuou em algumas partidas na Série B e fez parte do grupo que conquistou o acesso para a Série A do Campeonato Brasileiro. No ano seguinte, no Campeonato Paulista de 2009, Cristian fez o gol que deu a vitória ao Corinthians no primeiro jogo da semifinal contra o rival São Paulo, faltando 23 segundos para acabar a partida no Pacaembu. O volante voltou a balançar as redes numa vitória de virada, novamente contra o São Paulo, onde na comemoração fez gestos obscenos à torcida adversária.[6][7] Na partida seguinte, no Morumbi, o atacante Ronaldo marcou um gol e repetiu o gesto de Cristian.[8]
Alguns meses depois, o volante sagrou-se campeão da Copa do Brasil. Cristian marcou um único gol na competição, no dia 29 de abril, na derrota por 3 a 2 para o Atlético Paranaense, no jogo de ida das oitavas de final.[9] Apesar do resultado negativo na primeira partida, o Corinthians venceu por 2 a 0 no jogo de volta e classificou-se para as quartas.
Fenerbahçe
No dia 20 de julho de 2009, o Fenerbahçe anunciou a contratação do jogador por 7 milhões de dólares.[10][11]
O Corinthians fez uma campanha de marketing visando o retorno de Cristian no início de 2012,[12] mas o plano não vingou e o volante brasileiro permaneceu na Turquia.[13]
Retorno ao Corinthians
No fim de agosto de 2014, Cristian rescindiu contrato com o Fenerbahçe após cinco anos. O motivo alegado foi a restrição ao número de jogadores estrangeiros no elenco.[14] Depois de passar os últimos meses de 2014 treinando em particular, o volante foi anunciado oficialmente pelo Corinthians no dia 3 de janeiro de 2015.[15]
No dia 15 de março de 2017, Cristian foi oficialmente afastado do elenco corintiano após fazer reclamações em uma entrevista que a diretoria não tinha comunicação, ficando de fora da lista de inscritos para o Campeonato Paulista.[16] Além disso, segundo o volante, ele sentiu-se barrado de seguir sua carreira após mais de um ano de fora até mesmo da reserva do clube.[17] Diversas equipes sondaram Cristian interessadas num empréstimo, mas o jogador recusou todas elas.[18]
Grêmio
No dia 4 de setembro de 2017, após seis meses afastado do elenco principal do Corinthians, o Grêmio anunciou a contratação do volante por empréstimo até o fim de 2017, mesmo período do fim do vínculo com o clube paulista. A ida do jogador para o time gaúcho foi para suprir a ausência do também volante Maicon, que não atuaria mais na temporada em virtude de uma lesão no tendão de Aquiles.[19]