Começou sua carreira na base do clube Caribe Junior se destacando e sendo o artilheiro das categorias que disputou. Em 2006, começou a atuar profissionalmente no time Barcelona SC, porém em 2007, deu positivo no teste de doping para consumo de cocaína[2]. Em 2010, se transferiu para a LDU de Quito onde conquistou vários títulos e chegou a decisão da Copa Sul-Americana de 2011. Na temporada de 2012 foi negociado com o Chivas USA na disputa da MLS o jogador não convenceu e voltou para o Equador em 2013 agora no Emelec, clube no qual o jogador conquistou a artilharia da Copa Sul-Americana de 2014.
Grêmio
Em 7 de fevereiro de 2016, Bolaños acertou a transferência para o Grêmio por cerca de US$ 5 milhões, firmando contrato de três anos.[3]
Fez sua estreia pelo tricolor gaúcho em um jogo contra a LDU, clube em que atuou no passado, em partida válida pela Copa Libertadores da América de 2016. O jogo foi na Arena do Grêmio, em Porto Alegre, e Bolaños teve uma ótima estreia: fez o segundo gol da sua equipe e foi considerado destaque da partida na goleada por 4–0.[4]
Na sua segunda partida com a camisa gremista, Miller enfrentou o Internacional, no clássico Gre-Nal de número 409. Naquela ocasião sofreu uma fratura na mandíbula em dois pontos. Mesmo gravemente lesionado, o atacante continuou em campo até o intervalo, quando foi impedido pelo médico do clube de voltar ao jogo. Depois da partida, que terminou empatada em 0–0, foi divulgado pelo Grêmio que o jogador precisaria se afastar das atividades do grupo por pelo menos 30 dias, além de ser submetido a cirurgia para reconstrução da mandíbula.[5][6]
No dia 07 de Dezembro de 2016, entrou nos minutos finais da decisão entre Grêmio e Atlético Mineiro, e fez o gol do pentacampeonato gremista na Copa do Brasil. O gol garantiu o empate do Grêmio em 1 a 1, que junto com a vitória por 3 a 1 na primeira partida, fora de casa, garantiu o título e o fim do jejum de 15 anos sem títulos de expressão nacional para o clube gaúcho.
